1950～1968年，农垦系统的卫生防疫工作一直由当地卫生行政主管部门代管（实际上放任不管）。1969年，兵团成立及农垦局恢复后，经多方协调、疏通，改由农垦主管部门与地方条块结合的管理体制。省农垦总公司政治部设有教育卫生科，大农场设有卫生科（不设卫生科的由医院统管），与卫生防疫、地方病防治、爱国卫生、计划生育等合署办公、一个机构几块牌子，形成健全的医疗预防网络，基本满足农垦职工防病治病需求。
农垦按照《计划免疫技术管理程序》，实行计划免疫。建立健全卡帐册，充实冷链装备，制订生物制品领发登记制度，冷链管理制度，卡帐册使用保管制度，凭证入学入托入园制度，使计划免疫工作程序化、制度化、规范化。“四苗”（百白破、麻疹、卡介苗、脊髓灰质炎接种率普遍达到和超过85％的目标要求，“四苗”预防的传染病已基本绝迹。皖河农场卫生防疫站连续多年被评为安庆市先进单位，受到表扬和奖励。同时推行计划免疫保偿制和母子系统保健保偿制，保证了预防保健工作和妇幼保健工作进一步落实。
血吸虫病流行农场都设有血吸虫病防治的专门机构和专职人员，坚持常抓不懈。经过30年的努力，钉螺面积由原来3704万平方米，下降到目前的293万平方米，消灭了3411万平方米，占有螺面积92．1％，控制了疫情，降低了发病率。60年代以后，未发生过集体成批急性感染。农垦系统认真贯彻预防为主方针，大力开展爱国卫生运动，结合治脏治乱治差，积极灭鼠灭蚊灭蝇。经过多次全民性普查普治和群防群治，已基本消灭疟疾、丝虫、地甲病、流行性出血热等。同时，坚持开展对妇女病普查、职工健康检查、儿童健康检查、职业病检查，并边查边治
农垦系统根据中央关于计划生育工作第一把手亲自抓、负总责的要求。把计划生育工作列入场长任期目标，坚持两种生产一起抓，实行一对夫妇只生一个孩子，并把实行计划生育与否和单位职工切身利益挂钩。农垦系统计划生育率平均在95％左右，人口自然增长率平均在8‰左右。龙亢、普济圩农场被评为全国计划生育先进单位。正阳关、焦岗湖农场被评为省计划生育先进单位。