安徽农垦创建以来，在相当长一段时间内主要经营农业，尤其重视种植业的粮、棉、油生产，工商业只占从属地位。在此经济结构基础上，根据各个历史时期党和政府的要求，来确定农垦的经营方针。
三年国民经济恢复时期（1950～1952年），农垦按照党和国家提出的以开垦荒地，恢复生产为主的方针，边治水、边开荒、边生产，从事小麦、水稻等粮食作物生产。
“一五”期间（1953～1957年），在开荒建场的同时，按照中共安徽省委1953年4月对国营农场的指示，农场的主要任务是“增产粮食，示范农民”。1954年对沿淮农场确定的方针是“保春争秋”，即“小麦保本，争取盈余，秋季扩大积累”；丘陵区农场播种茶园，并要求逐步发展桐、茶等经济作物。1956年又把沿淮农场的经营方针改为“扩大确保地区，巩固保春争秋，有把握地利用一水一麦区”。
“二五”期间（1958～1962年），是“大跃时”时期，在党的“大办农业，大办粮食”号召指引下，农垦继续大力开荒办场，增加耕地，扩大粮食播种面积。1959年按照中央和省委对国营农场提出的生产出口产品和作为商品生产基地的要求，农场积极从事粮食、大豆、棉花、油料、花生和猪、牛、羊、鸡、鸭、肉、蛋、奶制品等农畜产品生产。此间适逢“三年自然灾害”时期（1959～1961年），新成立的农垦厅，认真贯彻农垦部对国营农场实行“一业为主，农牧结合，多种经营”的方针。积极扩大劳力使用范围，大搞农田基本建设，建立农场自己的小型粮、油、棉加工厂，鼓励职工发展家庭副业。
“三五”（1966～1970年）和“四五”（1971～1975年）期间正值“文化大革命”。在“怀疑一切，否定一切”的错误思潮下，各种规章制度受到冲击和批判，领导干部被打成“走资本主义道路的当权派”，生产无人问，经营管理混乱，粮棉油产量急剧下降，亏损大幅度增加。1969年成立生产建设兵团，兵团发出“连队变大寨，营团变昔阳”的号召，并提出“要想超《纲要》，就要种水稻”的口号。普遍推行“旱改水”，扩大水稻种植面积，对沿江沿淮各场推行“一肥两稻”、“一油两稻”的“三熟制”，这种经营方针并没有能实现《超纲要》的目的。
1976年，省农垦局在萧县郭庄召开农垦系统学大寨会议，提出了“一年大进步，三年大变样，五年建成大寨场”的口号。农业上推行“扩大面积攻总产”的措施，结果造成产量低、成本高、亏损大。经过两年徘徊，1978年2月，农垦系统在合肥召开了全省国营农场工作会议，传达全国农垦工作会议精神，通过了《关于贯彻全国国营农场会议中若干问题的试行规定（草案）》。农业上执行“以粮为纲，全面发展”、“一业为主，多种经营”的方针。同年12月，中共十一届三中全会通过的《关于加快农业发展若干问题的决议（草案）》，指出，要“努力办好国营农场，为国家提供更多的商品粮、经济作物和其他农副产品”。安徽农垦遵照三中全会精神，认真总结多年的办场经验教训，制订了较为切合实际的农业经营方针。对沿淮农场坚持“一麦一豆”，重点主攻小麦；对沿江农场坚持以水稻和棉花为主，有计划地扩大小麦和其他经济作物播种面积；对丘陵地区农场实行“宜茶则茶，宜林则林，宜粮则粮”。
安徽农垦工业在50～60年代，只是围绕农业生产和职工生活而兴办的一些粮油加工、农机修理、建筑材料等小型工业。70年代，虽然工业有较大发展，但以后又划归地方。因此，工业生产在农垦经济中一直处于次要地位。到1983年止，安徽农垦基本上是按照“围绕农业办工业，办好工业促农业”的方针指导工业生产。
1984年，全国农垦工业会议提出了“围绕市场办工业，办好工业促农业”的方针。根据这一方针，安徽农垦在总结自己发展工农业经验教训的基础上，突破国营农场长期以农为主的传统经营观念，积极发展农垦工业。
“六五”（1981～ 1985年）后期，农垦工业逐步从“围绕农业办工业”走向“围绕市场办工业的”经营方针。把工业生产由“就地取材，就地加工，就地销售”的方针调整为“就地取材、就地或异地加工、把产品推向市场”的方针。
“七五”期间（1986～1990年），进一步明确了发展工业的指导思想，确立了“抓管理，重技术，上项目”的方针。总公司要求各场要因地制宜，立足自有资源，发挥优势，扬长避短，调整工业发展方向，建立具有自己优势的工业。
农垦商业在改革开放前，只限于采购生产资料和生活资料。当时的物资部门仅组织计划内物资的调拨供应。“六五”期间，农垦把原来各级物资供销部门先后改为各种形式的商业部门，继续组织好计划内钢材、木材、水泥、化肥、燃油料、农药等物资的供应，并为弥补计划内物资的不足而参与市场调节。其任务主要是提供必需的生产资料，为农场生产进行产前、产中和产后服务，搞好职工生活必需品的供应等。“七五”期间，随着市场的开放，计划内物资供应的减少和取消，农副产品购销体制的变化，农垦工业产品的增加，使农垦商业在发展农垦商品经济中的任务和作用逐步增加和扩大。按照1986年中央8号文件关于“农垦商业要适应职工家庭农场和发展商品经济的需要，以推动生产，搞活流通，方便生活为宗旨，做好供销服务”的方针。安徽农垦商业的做法是：把农垦商品粮、茶叶、水果以及农副产品基地生产出来的产品推向市场，积极为职工家庭农场做好生产资料和生活用品的供应，把农垦工业产品和农副产品推向市场。
安徽农垦在经营管理的长期实践中，不断调整和完善经营方针，其主要精神是贯彻“一业为主，多种经营”。在搞好农业这个基础产业的同时，积极发展工业和第三产业，实现农林牧副渔、工商运建服协调发展的综合经营方针。