明清两代，九华山寺宇林立，颇为兴盛，除地方人士乐助功德捐款外，与朝廷和地方官府的资助是分不开的。明洪武二十四年(1391)朝廷赐银修葺化城寺。宣德二年(1427)，万历十一年(1583)，三十一年(1603)，又屡赐银修葺化城寺和肉身殿(金额不详)。清康熙四十二年(1703)赐银300两，四十八年(1709)赐银百两；乾隆三十一年(1766)，赐银修葺九华山主要寺宇。咸丰三年至同治二年(1853——1863)，太子军与清军激战于九华山区，大部分寺庙被毁，交通受阻，香火骤减。同治三年，清朝廷将太平天国革命镇压下去以后，对九华山又给子一定支持，地方绅商及佛教信徒竞相捐输，佛寺、精舍修复很快，至今尚存的多数寺庙就是那时重修的。

民国时期，政府也给予九华山佛教以支持。黎元洪、段祺瑞、于右任等先后为肉身殿、百岁宫、祇园寺题匾；1935年，国民政府主席林森朝礼九华，并向祇园寺赠款。

建国后，人民政府保护宗教信仰自由，保护名胜古迹，支持寺院经济，改善僧尼生活。1950年土地改革，僧尼同当地农民享受同等权利，一样分得田地和山场。政府引导僧尼走互助合作道路，实行农禅并举，增加寺院收入。1953年，政府拨款600元，救济生活困难的后山僧尼。1956和1962年，政府分别拨款3000元和 2000元维修寺庙。民政部门对僧尼的定期补助，1979年平均每人每月10元，1980年增至15至25元，1986年增至45至55元，全山寺院合计每年僧尼定补1．8至2．5万元。1979至1985年，政府为维修主要寺宇拨款81万元(甘露寺28万元，百岁宫25万元，祇园寺10万元，肉身殿8万元，化城寺10万元)；九华山管理处和九华山佛教协会共计筹款85万元。