安徽农垦财务管理体系，是自下而上定期编报生产财务计划、财务决算和其他会计报表，自上而下地核拨各项资金。实行统一领导，分级管理，分级核算的财务管理体系。
国营农场是独立核算单位，实行全面的经济核算。对上实行预算缴拨款；对内统一经营，统一安排使用各项资金，组织领导、检查监督农场各核算单位的财务管理与会计核算；对外办理银行存款、贷款，采购物资、销售产品结算货款。
规模较大的农场设分场。分场是农场的派出机构，代农场管理分场财务，可在银行开户，办理供销业务结算货款，组织领导分场所属单位的财务管理和会计核算，计算分场盈亏。
生产队是农场的基层核算单位，主要是管好用好各项资金，核算产品成本，计算盈亏。生产队不在银行开户，不直接对外采购物资，不经上级批准，不能自行出售产品和物资。农场对生产队实行报帐制或缴拨款制度。
场办工业、商饮业、交通运输业、建筑业等单位是单独的核算单位，可以在银行开户，自行出售产品，组织内部经济核算，核算产品成本，计算盈亏。对农场实行定额、定期缴拨款制。
对农场内政法、文教卫生、医院等单位，实行经费定额管理，节余留用，超支不补的办法。
安徽农垦财务管理机构，随着领导管理体制的变动而变动。从初创时期的省农林（业）厅国营农场管理局到后来的省农垦局、安徽生产建设兵团、省农垦厅（局）、省农垦农工商联合企业总公司，都设有计划财务处。农场初创时期，在组成临时工作班子中配有会计。1955年，省农场管理局规定，1～3万亩的农场场部设立会计室，后改为计划财务科；分场（作业区）设立财务股；生产队（厂）设立会计室，配备专职会计1～2人。
1990年，全垦区有独立核算的农、茶场（公司）25个，独立核算的建筑企业1个，独立核算的商业企业2个。基层核算单位678个，场办工业核算单位175个，运输业核算单位18个，建筑业核算单位23个，商业、饮食服务业核算单位72个。