1988年，安徽乡镇企业在国家银根紧缩的情况下，积极贯彻中共十三大提出的“注重效益，提高质量，协调发展，稳步增长”方针，继续呈上升趋势。元月7日至8日，在阜阳召开的乡镇企业制度建设试验区现场汇报会上，代省长卢荣景再次肯定阜阳千家万户一齐上的路子是正确的。15日，代省长卢荣景和副省长龙念、汪涉云与来自全省各地的13位农民企业家对话，卢荣景希望这些农民企业家，能为安徽省发展乡镇企业带个好头，并现场处理了他们提出的一些具体问题，如价格问题、技术职称评定问题等。要求有关部门妥善解决。卢荣景重申效益与速度相比，效益要放在首位。21日至24日，省乡镇企业局召开全省各地、市、县乡镇企业局长会议。副省长汪涉云提出要抓住机遇，适时地进行战略转移，即：1、从过去主要靠增加投入的外延发展转向依靠科技进步，实行内涵发展与外延发展并重的轨道。今后投入方向，必须考虑市场的因素。要在提高企业素质上下功夫。新上项目起点要高，要你无我有，你有我优，你优我廉。2、从重产值增长转向产值和效益并重，同步增长，以效益为主。注意产品结构，从低、粗、笨中突围出来，发展高、精、细产品。多发展一些劳动密集型的企业，以带动千家万户。3、从单一依靠国内市场，逐步转向国际市场，实行两个市场同时开拓。4、要从企业分散型经营转向专业化、社会化协作生产，发展多种形式的企业集团和企业群体，以增强市场竞争能力和应变能力。5、从传统的小生产经营管理转向科学的现代化经营管理，逐步的从粗放型经营转向集约型经营。汪涉云副省长还围绕乡镇企业的战略转移，提出了具体措施。省乡镇企业局负责人的报告在谈到4个轮子的关系时，提出，对户办、联户办主要是舆论上发动，政策上保护，搞好服务（技术、信息服务），典型引路。乡镇企业局应把工作重点放在乡、村两级上，特别要注重抓好集团经济、群体经济和骨干企业。他还就完善承包制等问题，发表了许多具体意见。2月初，省人民政府印发了2号文件《关于加快山区经济建设的通知》，要求对山区发展乡镇企业实行更加优惠的政策。对山区新开办的各类企业生产的产品（除国家规定的少数不准减免的产品外），在税收政策上要放得更宽些。3月初，中共安徽省委、省人民政府召开全省农村工作会议，省委书记李贵鲜说，在深化农村改革方面，要继续调整和优化农村产品结构，努力实现“一个稳定增长，两个加快发展”，就是保证粮食生产稳步增长，加快发展开发性农业，加快发展乡镇企业。还要求把竞争机制引入承包。汪涉云副省长在会上提出“力争在今年内消灭空白乡，两年内消灭空白村”的发展计划以及开办工业小区的设想。3月14日，省乡镇企业局在学习和讨论李贵鲜“远学粤闽，近学江浙”的报告时，确定1988年除抓好正常工作外，重点抓好8项工作：全面推行经营承包责任制，争取在所有权与经营权的分离上有一个较大的突破；加速人才开发；扩大资金筹措渠道，争取多投入；组建企业集团；抓好年产值500万元以上的骨干企业的升级工作；积极发展外向型企业，选择四个出口基地和7个项目参加国家外贸项目的招标，争取在深圳、海南开辟新的出口渠道；积极创办经济实体；搞好横向联合。3月15日，省人民政府印发《关于开展乡镇煤矿整顿工作的通知》，以逐步使乡镇煤矿从自发办矿转为统筹规划。同日，省乡镇企业教育工作会议在六安召开。4月23日，省人民政府印发《关于鼓励省直单位科技、管理人员支援乡镇企业的若干意见》。6月初，中共安徽省委、省人民政府在桐城县召开江淮片乡镇企业汇报会，省长卢荣景、副省长汪涉云讲了话。省乡镇企业局负责人在报告中，强调四轮驱动中重点抓村办企业。6月下旬，中共安徽省委、省人民政府在蒙城县召开淮北片乡镇企业汇报会，会上省委副书记孟富林讲了话。7月31日，省乡镇企业局在农业部的汇报中提出发展乡镇企业要注意适度规模。8月6日，中共安徽省委、省人民政府办公厅转发了乡镇企业制度建设阜阳试验区两个试验项目的报告，即《关于清理整顿市场和交通路卡试验项目的情况报告》。8月30日，省委副书记孟富林在全省地、市委书记会议上谈到加快发展乡镇企业时指出：新上的乡镇企业要注意合理布局，相对集中。9月13日到15日，省乡镇企业招标承包经验交流现场会在庐江县召开，省委书记卢荣景指出，庐江县招标承包和风险抵押承包是一场革命，全省要广泛推行。同月，中共十三届三中全会提出治理经济环境、整顿经济秩序、全面深化改革的方针。9月底，省委、省人民政府召开江南片乡镇企业工作汇报会。省委副书记孟富林在会上强调指出：各级各部门要从安徽经济发展的大局出发，在新形势下要防止和消除可能产生这样那样的模糊认识，坚定信心，坚持以生产力为标准，精心研究措施，帮助乡镇企业渡难关，推动全省乡镇企业持续、稳定、健康地向前发展。11月份，省乡镇企业局组成4个调查组，分赴7个地市、16个县进行了实地调查。
调查结果表明，上半年全省乡镇企业平稳健康有序地发展，各地结合实际制定了长期发展规划，出台了一系列鼓励扶持乡镇企业发展的政策和规定，企业素质得到提高，效益明显较好。创产值107．1亿元，完成全年计划的51．3％，比上年同期增长44．5％。省乡镇企业局一手抓发展，一手抓提高，在全省范围内初步组建起出口创汇基地5个，它们分别是，以霍山县外贸加工厂为龙头的农副产品加工出口基地、以金寨兰溪丝绸厂和兰溪缫丝厂为龙头的丝绸集团、以宁国福利地毯厂为龙头的地毯集团、以肥东长临河毛巾厂为龙头的纺织工业公司、以宁国耐磨材料总厂为龙头的耐磨材料集团。但到了下半年，形势却急转直下，生产呈逐月递减趋势。造成的原因：1、信贷紧缩，投入减少。1988年农业银行给乡镇企业新增贷款1．8亿元，到9月底已超投1．6亿元，10月底压回，这样，自10月份全省农业银行就基本停止了对乡镇企业的贷款。1988年全省乡村两级新上3500多个项目，由于信贷收缩，其中近1000个在建项目固定资金缺口1．6亿元，流动资金缺口6至7亿元。2、能源紧张，原材料紧缺，大部分企业每月只能生产15至20天。以购销和加工粮油棉为主的企业，大部分停产。3、政策界限不清，部分推销员和企业厂长有畏难情绪。4、少数部门出于对国家治理整顿的误解，过多地责难乡镇企业。
12月10日，中共安徽省委办公厅发出内部通报《在治理、整顿中对发展乡镇企业应注意掌握的几个问题》，即8条意见，它着重讲了在治理、整顿过程中，要继续贯彻中央“积极支持、合理规划、正确引导、加强管理”的方针，注意做到保护、整顿、调整、服务、提高，以保护农民发展商品经济和乡镇企业的积极性。还要求认真做好清理整顿工作；积极调整产品结构；把竞争机制、风险机制等引入承包、租赁，深化企业改革，注重经济效益；继续坚持依靠市场调节；注意政策兑现；要保护乡镇企业经营者的积极性；各级领导和各有关部门要坚定信心，共同关心和帮助乡镇企业在转折时期渡过难关。11日，省委副书记、副省长傅锡寿在全省农村工作会议上做了题为《认清形势，落实政策，大力发展农业》的报告，再次肯定大力发展乡镇企业的方针不变。16日，省委书记兼省长卢荣景在听取省乡镇企业局负责人的汇报后指出，当前最根本的问题是要在调整产业结构和产品结构方面狠下功夫。停止和转掉高能耗、污染严重、技术不过关、质量无保证的长线项目和产品，把有限的资金用于发展短线、高效、外向型项目和产品上。指出要花很大的气力研究家庭经济，继续大力提倡私人办厂、合伙办厂。对30％左右的困难企业，搞好兼并转产，不要轻易关停企业。并要求各级领导勇于承担责任。
1988年，全省乡镇企业实现产值215亿元，比上年增长30．3％，占全省工农业总产值562亿元的38％，超过农业总产值55亿元。其中工业产值115．8亿元，增长28．7％，占全省工业总产值的四分之一以上。在实现的215亿元产值中，乡办企业产值65．4亿元，村办企业产值31．4亿元，联户办企业产值28亿元，户办企业产值91亿元。乡镇企业产值达到或超过5亿元的县（市、区）有当涂县、合肥郊区、亳州市、天长县、桐城县、怀宁县、繁昌县、怀远县、萧县、宿县。其中当涂县1988年乡镇企业产值为8．3亿元，该县的新博乡达到1亿元，为安徽省第一个工业产值亿元乡。全省农村人均纯收入的23％来自乡镇企业，在乡镇企业中就业的劳动力达到474．6万人，占农村劳动力的23％，其中乡办企业115．7万人，村办企业63．6万人，联户办企业57．8万人，个体企业237．5万人。到年底，固定资产原值达到63．9亿元，其中乡办企业27．3亿元，占42．7％；村办企业11．5亿元，占18％；联户办企业5．5亿元，占8．6％；户办企业19．5亿元，占30．5％。乡镇企业个数发展到104万个。全省乡镇企业创利润20．7亿元，比上年增长28．6％；实现税金5．6亿元，比上年增长30．8％。天长、宁国、繁昌、当涂4县乡镇企业上缴税金，分别占该县工商税的52％、41．6％、62．3％、65．9％，分别占该县财政收入的40％、41．6％、54．1％、46％。
1988年，全省有431家乡镇企业领取了计量合格证书，493家企业获得了《全面质量管理合格证》，200多家企业领取了行业主管部门颁发的《生产许可证》。10个产品获部优质产品称号，28个产品获省优质产品称号，104个产品获省乡镇企业系统优质产品称号。安徽省乡镇企业产品参加首届中国食品博览会，获得金奖1枚、银奖10枚、铜奖14枚。全年乡镇企业产品出口外贸收购额1．8亿元，比上年增长59．3％。霍山县外贸加工厂当年出口创汇293万美元，成为全省乡镇企业第一创汇大户。
1988年，安徽乡村两级企业在发展过程中也遇到一些问题，最为突出的是：一是资金使用上结构不合理，固定资产投资增长幅度超过了企业自身承受能力。二是债权债务逐年上升，往来款长期拖欠不清。1988年底，全省乡村两级企业应收款13．88亿元，比上年增加3．28亿元，增长31％；应付款12．45亿元，比上年增加2．97亿元，增长31．33％。应收应付相抵，尚有1．43亿元被人占用。三是企业负债增长，1988年底，各项负债总额达21．63亿元，比上年增加4．85亿元，增长28．9％，负债率达31．1％。
1989年，国家继续执行治理、整顿，抑制经济过热和通货膨胀政策，这对管理水平很低，基础非常脆弱的安徽乡镇企业是一场严峻的考验。中共安徽省委、省人民政府在贯彻中央精神的过程中，根据安徽省实际，审时度势，适时地提出“保护、整顿、调整、服务、提高”的应变10字方针，并出台了保护乡镇企业的8条意见。1989年的工作，基本上是按十字方针开展的。
1月17日至22日，全省乡镇企业工作会议在阜阳召开，会议分析了面临的形势，由于安徽省产业结构不合理，技术落后，产品质量差；企业自有资金很少，一直靠银行贷款支撑；一些地方不顾主客观条件，盲目铺新摊子；挥霍浪费现象严重，干部挪用企业资金比较普遍；非生产性开支加大，效益下滑，所以银根紧缩后，问题更加突出了：1000多个规模较大的半拉子工程难以竣工投产，3000多个新办的骨干企业无法运转，很多老企业因为能源、原材料短缺停产或半停产。随着控制消费基金和基本建设规模政策的出台，部分产品的销售成了问题，部分进城的农民建筑队被清退回乡。针对上述情况，副省长汪涉云和省乡镇企业局的负责人先后在会上讲了话，讲话强调：1、严格执行中央的精神，不准搞“搭车”土政策，不准把该“活”的统死，不准恢复旧体制。2、继续实行乡镇企业多渠道经营和“议来议去”的物价政策。在以县为单位完成国家定购任务后，允许乡镇企业采购、加工和运销农副产品。3、各地在实行行业管理中，决不允许以行业管理为名上收乡镇企业，实行行业垄断，平调、瓜分乡镇企业。4、有关部门要继续大力支持乡镇企业。汪涉云特别指出，调整不是一刀切，而是实事求是，分类指导，对那些生产要素基本具备，但基础差，刚刚起步的地区，要保持一定的外延扩大速度；基础比较好的企业，以巩固提高为主，搞好内涵改造，提高效益。调整的内容主要是围绕提高效益，抓好产业结构、企业结构、产品结构以及投资结构的调整，要求实现五个方面的战略转换：从过去主要靠增加投入的外延发展为主，转向注重现有企业的内涵改造挖潜为主；从单纯追求产值增长，转向注重经济效益；从依靠国家贷款扶持为主，转向自力更生自筹资金为主；从粗放经营转向依靠科技进步、提高管理水平；从满足于乡镇企业机制优势，转向搞活经营机制。24日到26日，全省乡镇企业教育工作会议召开。3月13日，中共安徽省委、省人民政府召开部分农民企业家座谈会，省领导卢荣景、傅锡寿、孟富林、汪涉云等讲了话。卢荣景说，在治理、整顿中，有些同志有这样或那样的疑虑，对党的政策不能全面地、正确地认识，在这关键的时候把你们请来，互相交换意见，目的就是讲清形势，明确农民企业家在发展乡镇企业中的地位和作用，使乡镇企业持续、稳步、健康向前发展。汪涉云着重指出要学会用足优惠政策。25日，省乡镇企业局制定了出口创汇发展规划。3月30日，省税务局发出《关于对农村乡镇企业和农民个人征免税问题的通知》，给乡镇企业和私人企业20条优惠政策，减少或免掉大部分税收，其税率比起国营企业已是微乎其微，充分反映了安徽对农村集体和私人经济的照顾与支持。4月10日，省委印发了《全省山区工作会议纪要》，重申山区要坚持以林为主，充分重视上一批“短、平、快”项目，以尽快实现脱贫致富。4月19日，省委、省人民政府召开专门会议，听取阜阳试验区工作汇报，肯定了他们清理、整顿市场和交通路卡、政府部门合署办公解决基层实际问题的3项成果。4月22日、25日，召开全省乡镇企业经济形势分析会。7月7日，省乡镇企业局学习了邓小平关于“经济不能滑坡，凡是能够争取的发展速度还是要积极争取”和“对那些浪费电力和原材料的乡镇企业要坚决关一批”的指示后，给省委、省人民政府的报告里提出，在今后一段时间里，各级乡镇企业管理部门的中心任务是根据邓小平的指示精神，结合安徽实际，积极搞好调整，把重速度轻效益的情况转过来，在调整中求得一个扎扎实实的发展速度。7月10日，省乡镇企业局转发了桐城县《促进乡镇企业大发展若干奖励政策的规定》。18日，省乡镇企业局召开部分地、市、县乡镇企业局长座谈会，省委副书记孟富林结合学习贯彻中共十三届四中全会精神和邓小平关于乡镇企业工作的重要讲话，就当前乡镇企业工作发表了看法。8月14日，省人民政府印发了48号文件，转发省乡镇企业局《关于认真抓好我省乡镇企业调整工作的报告》，《报告》说，今年4月前，对全省在建项目清理工作进行了抽查和测算，被抽查的42个县431个在建项目中，已有72个项目停建，投资额为7331．9万元，省局审批的项目中，已有18个重点项目停建、缓建。全省现有的6万家乡村两级集体企业中，条件好、效益好的约1．8万家，应从各方面予以支持，确保其正常运转；有一定的效益，也有一定困难的企业约3万家，应鼓励其渡过难关，并予以相应的支持；难以维持的约有1．2万家，应采取兼并、合并、投标、转产等方法，积极寻求出路。《报告》要求帮助乡镇企业建立肃贪、倡廉、勤俭办事等制度。8月18日，省乡镇企业局印发《关于在全省乡镇企业开展清产核资追回挪欠工作的意见》。9月18日，省乡镇企业局在对省人民政府的汇报材料中反映，今年上半年，全省乡镇企业外贸交货额为6685万元，比去年同期下降10％。出现滑坡的主要原因，除企业内部因素外，能源紧张、资金紧缺、主要原材料和辅助材料大幅度涨价，是重要原因。据调查测算，预计全省乡镇出口创汇企业年缺电600万度、煤3万吨、柴油1200吨、钢材3500吨、生铁2万吨、棉纺3000吨，缺少流动资金7500万元、技术改造资金2100万元。省乡镇企业局向省人民政府提出保重点出口大户的策略。9月22日，省乡镇企业局在《关于乡镇企业三年调整几个问题的汇报》中，对产业、产品结构的调整提出如下方案：重点发展12个行业、111个产品、1442家企业，严格控制9个行业、25种产品、1903家企业，关、停、并、转掉5个行业、766家企业。10月9日，省农村经济委员会转发了《桐城县在治理整顿中稳步发展乡镇企业的汇报》。11月9日，省委副书记孟富林、副省长邵明、汪涉云听取省委、省人民政府调查组关于乡镇企业调查情况的汇报。省乡镇企业局负责人在汇报中说，安徽省乡镇企业存在着先天不足，后天失调的问题。因此，今后几年内，乡镇企业应把积极主动地搞好调整作为中心任务。在调整中，除目前乡镇企业十分落后的地方，要创造条件积极发展新企业外，要严格控制上新项目，把主要精力放在现有企业的挖潜改造上。调整的重点行业是小水泥厂，特别是蛋窑型小水泥厂，能耗高、产量低、效益差的制砖轮窑企业和小白酒厂、小轧钢厂。能改造则改造，不能改造的下决心关停并转。12月4日，省委22号文件要求乡镇企业的发展，一要立足于农副产品和当地原材料的加工，但不同大工业争原料和能源；二要发挥劳动密集和传统工艺的优势，积极发展出口创汇产品；三要为大工业配套和服务。6日，省乡镇企业局向省人民代表大会常委会做了《当前乡镇企业情况的汇报》。15日，省人民政府印发了6 2号文件《关于在治理整顿中积极引导乡镇企业健康发展的通知》，对治理整顿过程中，如何掌握政策界限，作了明确界定：过去政策规定允许，但与现行规定不符者，不追究责任；对作出过贡献的乡镇企业厂长（经理），要保护他们的积极性，一时拿不准的案件可先作冷处理；对乡镇企业查补税收，要严格按照国家政策办，一时有困难的，可以分期分批交纳，不能把企业搞垮；名为集体、实则个体或私人企业，不可再挂集体牌子。联户办企业，凡能够按照集体企业管理制度进行管理，实行按劳分配，提留公共积累，股金分红的比例不超过集资额的15％的，可以登记为集体企业。集体经营，分散生产的，也可按集体企业对待。对于所有制性质暂时难以确定的，也先视为集体企业登记；银行安排乡镇企业贷款额度，不低于1988年的水平。这对稳定情绪，稳定生产形势，起到一定作用。12月中旬，省人民政府召开部分县、市乡镇企业形势分析会，孟富林代表省委明确表示，在调整中，从实际出发，不搞一刀切，注意保护一类企业，促二类企业，压三类企业。安徽乡镇企业在多数地方既不存在挤农问题，也不存在过热问题。
经过中共安徽省委、省人民政府、省乡镇企业局及全省乡镇企业广大干部职工的艰苦努力，使过高的发展速度得到控制，产品结构初步得到调整，生产经营稳步发展，经济效益也有所提高。全年完成乡镇企业产值255．9亿元，比上年增长19％。工业产值132亿元，增长14％，其中乡村两级工业产值76亿元，比上年增长18．7％。上缴税金6．67亿元，比上年增长19．1％。实现利润21．8亿元，增长5．3％。产品出口上缴货额2．16亿元，比上年增长20％。由于受银根紧缩及其他因素的影响，户办、联户办企业减少了17．6万个。全省乡镇企业从业人员476万名，与上年持平。乡镇企业总产值超过5亿元的有当涂县、天长县、桐城县和合肥郊区。超过亿元的乡镇有合肥市郊区城东乡、常青乡，当涂县的新博乡、博望镇，淮北市的烈山镇，宿县符离集镇。
全省乡镇企业在调整中普遍重视加强企业管理，并取得了较好的成绩。400多家企业领到了计量部门颁发的《计量合格证》，500多家企业通过了地、市经委、省乡镇企业局组织的全面质量管理验收。乡、村工业产品标准化覆盖率达到60％以上。294家水泥厂中已有203家领到生产许可证，占69％；四级以上建筑企业377家，已领到资质证的有358家，占95％。肥东县塑料粉制厂生产的装饰环氧粉末涂料、合肥市义兴轮窑厂的烧结普通砖等13个产品获部优质产品称号。宁国县通用机械厂生产的FY－500B型农用三轮运输车、泾县氟塑料制品厂的ZSB－18型氟塑料合金磁力泵等35个产品获省优质产品称号。为了全面提高企业素质，全省乡镇企业系统开展了企业升级和争创“明星企业”活动。淮北市杭淮丝绸厂在全省乡镇企业中第一个获省先进企业称号。合肥淝河钢窗总厂、淮南第二玻璃厂等95家企业被省人民政府授予“明星企业”称号。有121家商、饮、服、运、建筑企业获省乡镇第三产业先进单位称号，其中合肥青云楼等32家企业获省人民政府授予的金杯奖。