建国初期，局、矿没有科研机构和专职科研人员，随着煤炭生产建设发展需要，科研工作开始引起重视，机构逐步建立。
1956年6月，淮南矿务局科学研究所成立。下设办公室、科技、综合利用和采掘机械等科室。到1986年有工作人员52人，其中科研人员44人。这是安徽第一个煤炭科学研究机构。1959年下半年，“安徽省煤炭科学研究所”在合肥成立，编制50人，1961年10月，煤炭工业部决定撤销该研究所，一些大的科研项目由北京煤炭科学院负责，一般项目由有关矿务局生产技术部门结合生产继续进行。
“文化大革命”期间，科研机构遭到破坏。煤炭系统科研人员下放到生产第一线，科研活动基本停止。“文化大革命”后期的1975年10月，为适应安徽煤炭工业的发展，重新组建了安徽省煤炭科学研究所，属县级单位，隶属于省煤炭工业局。党的十一届三中全会以后，由于落实了科研人员政策，科研战线开始复苏，科研机构得到迅速恢复和发展，科研队伍不断壮大。
1978年，煤炭科学院爆破技术研究所和淮北煤炭基地建设会战指挥部科学研究所相继成立。爆破技术研究所下设6个专业研究室和1个学术委员会，主要围绕煤矿爆破工程开展新产品、新技术和新工艺的研究，并承担爆破材料的性能检验及有关技术情报工作。截至1986年底，共有职工188人，其中科研人员109人。淮北煤炭基地建设会战指挥部科学研究所，下设科研管理、情报、计算机和环境保护4个科室，主要任务是负责编制指挥部科技发展长远规划和科研年度计划，组织和督促科研计划的实施，参与重大科研课题的研究，组织开展科技交流活动，编辑出版科技刊物等。1986年底，有工作人员15人，其中科研人员13人。
1980年，淮北矿务局成立科学研究所，下设采矿、机电、情报、管理4个科室。1986年底，有工作人员23人，其中科研人员15人。
1985年2月，安徽省煤炭科学研究所划归煤炭工业部煤炭科学研究院管理，并改名为煤炭工业部煤炭科学研究院合肥研究所。下设14个专业研究组和1个学术委员会。1986年底，有工作人员180多人，其中科研人员95人。
1986年5月，安徽煤田地质勘探公司科研室在蚌埠成立，有工作人员10人，其中科研人员4人。同年，特殊凿井公司在1977年所设科研科基础上成立科学研究所，下设情报，设计、微机，描图、晒图、复印等科室，有科研人员24人。
各矿务局、公司下属厂、矿、工程处在1978年全国科学技术大会以后大都成立了科研机构，并配备了一定数量的科研人员，形成了以局（公司）属科研所为主干的专业科研队伍，开展多种课题研究，科研和技术革新成果不断涌现。
截至1986年底，安徽煤炭系统已有6个县级科研所和1个研究室，共开展课题研究、科研与技术革新近500项，其中近40项重大科研成果获省级以上奖励。7个科研所（室）职工总人数近500人，其中科研人员304人。