民国以前，安徽煤炭系统没有医疗卫生机构。民国时期，设立煤矿局的矿区由总务课负责管理煤矿卫生工作。当时贵池馒头山官矿、淮北烈山煤矿、淮南煤矿局虽各有1所医院，但医护人员很少，条件十分简陋。只有淮南煤矿局医院设有院长、医师、护士以及内、外科等6个医疗科室。民国26年（1937年）淮南矿路股份有限公司在九龙岗建立医院，这是淮南第一矿工医院的前身，也是安徽最早的矿工医院。
建国后，人民政府十分关心矿工的身心健康，加强了对医疗卫生工作的领导，各级医疗卫生和保健机构逐步建立健全起来。1950年淮南矿务局职工疗养院建于洞山地区。1958年5月，淮南矿务局第二矿工医院开诊；同年8月，淮北矿工医院在濉溪县开诊1963年12月，淮南煤矿机械厂职工诊所改为职工医院；1973年，淮南煤矿基本建设局在潘集筹建职工总医院，后迁至洞山，并改名为淮南矿务局第三矿工医院；1974年2月，淮北煤矿基本建设局职工总医院开诊；1979年3月，淮北矿务局职业病防治所建成开诊，这是安徽煤炭系统唯一的职业病防治所；1980年，特殊凿井公司建立职工医院；1983年，淮南潘一矿建立1所医院，并于1981年11月改为淮南矿务局第四矿工医院。
与此同时，各厂、矿还逐步建立了医院、卫生所、保健站等医疗卫生机构，大大改善了矿区的医疗卫生条件。
截至1986年底，安徽煤炭系统共有医院55所（其中局、公司属6所，矿、厂属49所），疗养院2所，职业病防治院1所，卫生所、医务室、保健站等130多个。共有职工9000多人，其中医护人员约8000人，病床达4700多张。