何瑞征考中榜眼后，授翰林编修。历任国子监祭酒。崇祯十五年（1642）出任江南乡试主考官，所选拔的人中许多都是十分注重名节的举子，如黄淳耀等，皆出其门。
李自成攻入北京，何瑞征被列为首选，授弘文馆学士，教习庶吉士，与韩四维、周钟、魏学濂等领班劝进、朝贺最先。四月初日，李自成命何瑞征掌管弘文馆。何瑞征敛取裴希新等-的钱银，请牛金星到弘文馆，美其名曰“饮到任酒”。
福王时，给事中熊汝霖曾上疏揭发魏藻德、何瑞征等为“从逆献谋之首”，致使其他-“稽首贼庭，乞怜恐后。”
何瑞征于清顺治元年（1644）被授与礼部右侍郎，致仕归乡。约康熙十八年以前去世。康熙四十一年（1702)，祀乡贤。
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