本区自1984年起将鱼病防治列入日常工作，是年，女山湖商品鱼基地开始建设，精养高产技术在推广，随着池鱼密度提高而出现鱼病，主要是草鱼的赤皮病、烂鳃病、肠炎病及寄生虫疾病。当时无专用药物生产，一般用生石灰、漂白粉进行塘水消毒杀虫，以磺胺药、“三黄粉”、“大蒜泥”投喂消炎治病，都能起到防治效果。
1986年后，由滁县地区水产技术推广中心站主管鱼病防治工作，徐广友、凌武海等参加“花园湖大水面鱼病控制技术研究”和“花园湖网围养鱼传染性鱼病的防治研究”工作，对草鱼出血病使用草鱼组织浆灭活疫苗和细胞灭活疫苗注射或浸泡鱼种进行预防，效果良好。1988年在全区推广该技术，并获得1991年农业部科技成果三等奖及中国水科院科技成果二等奖。滁县地区水产技术推广中心站在多年实践中选用的有较好效果的专用鱼药有:
“鱼宝”:系中国水产科学研究院淡水渔业研究中心鱼病室和本区嘉山县水产局耿士岭共同研制的，用以防治草鱼赤皮病、烂鳃病、肠炎病，效果良好。
“鱼康”:系山西生产的外用消毒药，对围网、网箱养鱼中出现的细菌性疾病的防治有明显疗效。
“灭虫精”:系中国水产科学研究院研制的治虫药，治疗鱼类寄生虫病害。
“优氯净”、“强氯精”：用于鱼塘消毒和对细菌性鱼病的防治有效。