清光绪十一年(1885年)，由怀远区会(管辖皖北，大会设在南京，总会在上海，外国传教土主持。)在凤阳县府城西门内租用三间草房设布道所。到光绪十五年(1889年)初，英籍传教土沙光亮和路光邦受中华基督会南京总会派遣来滁州传教，在离城22公里的珠龙桥租民房设立教堂。光绪十八年又在滁城公管巷3号(今公管巷19号)建成基督会堂，此后又先后建成住宅和办公室。并从英国运来一口大钟安置在教堂钟楼之上，每逢礼拜日打钟召集教友。不久又于仓巷10号(今育新路市三中)开办基督中学和基督医院各1所，在公管巷开办基督女学一所，规定学生必须做礼拜，发展学生为教徒，利用学生向社会传播基督教思想。
光绪二十五年，基督教传入全椒县，基督会滁县教区美国传教士师顾德到全椒支持教徒储攀桂在县城南门大街建基督教堂，并开设两所基督学校，传教土先后为张芳生、杨树临等人。教徒也发展到100多人。
民国14年(1925年)，嘉山人赵布新从来安经商回明光，与信徒聚家庭礼拜发展教徒，并租房设立基督教堂，成立明光中华基督教会。
抗日战争时期，区境大部沦陷，城乡基督教会发展陷于停顿，教堂及其它附属设施遭到不同程度的破坏，外籍传教人员几乎全部离境，多由中籍牧师勉强主持。抗战胜利后，南京总会逐渐恢复了对滁县、来安、全椒等县、乡、村教会的管理，嘉山、凤阳、天长等县的基督教会也得到了一定的发展。到1949年，全区有会长3人，传道13人、长老8人、执事2人、女工78人。
1950年7月底，全国掀起反帝爱国的“三自”(自治、自传、自养)爱国运动，全区基督教徒积极参加。1950年和1951年，美籍任教士赵礼和、葛思巍先后离滁，中华基督会乡村教会由吴新丹负责，乡村服务协会由朱少堂负责。协会发起并召集滁城宗教界人士积极参加抗美援朝反帝爱国运动，订立《基督教爱国公约》并配合人民政府进行财产登记，还将部分房地产交政府使用。1954年，成立基督教“三自”爱国运动委员会，一方面割断与帝国主义的联系，一方面积极创办自养企业。由朱少堂牧师负责办起了糊精厂等。到1964年，全区有牧师4人，会长1人，传道19人，长老3人、执事13人、义工38人，有教堂等活动场所40个，教徒2567人。
“文化大革命”期间，全区教堂被关闭或占为他用，牧师及其他宗教职业者受到批斗。基督教活动全部停止。
1978年以后，随着国家宗教政策的逐步落实、为宗教界受迫害的人士平反，补发了工资。各地归还或折款归还了宗教房产，教堂恢复使用，倌教徒又开始恢复活动和逐步发展。
80年代以后，本区基督教发展很快，信教群众逐年增多，为使宗教活动的正常化、合法化，全区先后恢复和成立了5个县级“三自”爱委会和41个“三自”爱国小组，这对抵制外来宗教势力的干扰和渗透起了很大作用。截至1992年底，全区开放教堂14所(滁州市、定远县、嘉山县各1所、全椒县2所，凤阳县9所)，开放活动点70处，信教人数26307人，其中受洗礼的1560人。全区还开放临时活动点37处。