牲畜税始于清初，主要是对市场成交的牛、猪，按成交额3%征税，并加耗银3厘，合牲畜成交价的3.3%。咸丰年间开征厘金后，厘金和牲畜税并征。同治元年(1862)停征牲畜税。
民国2年，合肥征收牲畜税的牲畜有牛、马、骡、驴、猪、羊6种。在税外另征以不超过正税为限的附加费，由卖方完纳。翌年，合肥实征每头牲畜税额为：肥猪1角6分(银元，下同)，大猪8分，中猪5分，小猪2分4厘，乳猪1分6厘；大黄牛1角6分，小黄牛8分，大水牛2角4分，小水牛1角2分；大羊6分，中羊4分，小羊2分4厘；马、骡各2角；驴1角。民国19年12月，省国民政府重新颁布牲畜税简章，提高了牲畜征收税额。民国22年，合肥县实征牲畜税7200元，附加1302元。民国29年3月，牲畜税改征牲畜买卖证照费，划为县税，单位费额又有提高。同年11月，改按牲畜售价2%课征。民国30年8月，省国民政府通令废除牲畜买卖证照费。
1949年11月1日，根据《皖北区征收牲畜交易税与牲畜行管理暂行办法(草案)》的规定，合肥市对牛、马、骡、驴、猪、羊6种牲畜，征收牲畜交易税。税率按成交价格3%征收。税款由买方负担。从1954年3月1日起，征收交易税牲畜种类改为牛、马、骡、驴4种，税率及征收环节不变。1963年6月21日，牲畜交易税率调整为5%，1981年4月14日，复降为3%，1983年1月1日又提高为5%。
此间，对特殊用途的牲畜交易，国家作了减免税的规定，主要是：农民为了生产需要，不通过交易所而直接互换的牲畜，商业部门和供销社为供应灾区恢复生产而收购的牲畜，国营、集体配种站为繁殖牲畜而购买的牲畜，用于科研、教学而购买的牲畜，商业部门收购的菜牛等，均免征牲畜交易税。1984年2月10日，安徽省税务局规定，农民购买的大牲畜，按规定税率计算税款后，给予减征40%牲畜交易税的照顾。合肥市牲畜交易税收入最高为1983年，入库税款为9万元，最低为1985年，入库税款为634元。
牲畜交易税的征收方法：在清代和民国时期，基本上是采取责令行户认缴或由征收机关规定应征数额，由牙行、商董按月包缴，超收归己。采取这种办法，承包人往往为了从中渔利，或收款不给厅颁执照，或开大头小尾浮收税款，或任意改变政策，增加税额，甚至每价洋一元，抽收四五分之巨。民国20年5月，合肥县第十六联保主任在双河集向农民征收耕牛税，擅自规定每头水牛征税2元(法定3角)，黄牛1元(法定2角4分)。广大农民在中共肥北区委书记崔筱斋领导下，集体抗缴，迫使联保主任停止征收。民国21年9月，牲畜税由县地方税局办理，并规定了奖惩办法，但仍有明委暗包，或展转分包，层层剥削。
合肥解放后，牲畜交易税主要通过牲畜行进行管理，既保证税收及时入库，也保障农民利益。大牲畜交易，须凭区、乡政府证明，以防偷盗；屠户购买菜牛，只限残废不能耕作并持有准宰证明者。凡违犯规定，由交易所处以5～10元的罚金，对漏税者处以应纳税额1～10倍罚金。农民直接以畜换畜，不论价值是否相同，均免征牲畜交易税；通过交易所互换者，照章征税。