一、县属机构
县人民医院1950年4月，皖北行署卫生处派17人(卫生技术人员15人)，在撮镇街上建实验卫生所。8月迁至店埠镇，与县政府门诊室合并，成立肥东县实验卫生院。院址在北大街(今老街)，房屋12间，约240平方米。合计20人(卫生技术人员18人)，设简易门诊、药房和10张竹凉床作病床，并设防疫课、保健课。1951年增加到46人(卫生技术人员36人)，增设调研室、医务课、总务股、化验室。1953年，病床增至30张，购置了显微镜、分析天平和部分外科手术器械。
1955年11月，实验卫生院改名“肥东县医院”，后改“肥东县人民医院”。1956年，人员增至53人(卫生技术人员38人)，设内科、外科、妇儿科、牙科、五官科和中医科，病床增至50张。到1965年，医院的技术力量、服务质量和设备，都有显著提高。人员增至99人(卫生技术人员80人)。院内开展“病人之家”活动，医务人员对病人热情和蔼，为病人洗衣、梳头、剪指甲、倒便盆。一年中，有13位医务人员为病人献血4900毫升，经常步行护送病人转合肥就诊。医院抽出1/3的医务人员，到农村巡回医疗。自1958年在店埠镇东高岗上兴建院房，至1970年大部建成，建筑面积1422平方米，医院迁入新址(今店撮路东侧)。
“文化大革命”期间，医院受害尤甚，先后9次进驻“工宣队”、“军宣队”、“贫宣队”，领导干部和不少知识分子遭受迫害，49名医护骨干下放农村，合理的规章制度被废除，代之以“医护—条龙”和班、排、连建制，医院管理混乱，思想涣散，医疗质量急剧下降。
1978年以后，落实知识分子政策，为14名医护人员平反，回收下放人员，扩建院房，增加设备，进行技术职称的考核晋升，有117人分别晋升主治(主管)医师和医师、医士级。1983年增设老干部病房，医疗建筑面积765平方米。至1985年，全院有277人(卫生技术人员233人)。分设：内科、外科、妇产科、儿科、骨科、泌尿科、传染科、麻醉科、口腔科、五官科、皮肤科、中医科、针灸科、磁疗室、检验科、门诊部、总护理部、家庭病房保健部，以及药械科、制剂室、中药房、放射科、病理科、超声波室、心电图室、胃镜室。全院房屋增至11450平方米，其中医疗用房4100平方米，病床增至235张。主要医疗器械有：裂隙灯、激光美容机、纤维膀胱镜、火焰光度计、圆盘旋光机、冻疮治疗机各1台，纤维胃镜、空调机、电热水温箱、双目显微镜各2台，电泳仪、牙科椅、卧式消毒锅、X机各3台，高倍显微镜、万能手术床各4台，电冰箱、心电图机各5台，生产大输液设备一套。有救护汽车2辆。
肥东县人民医院近10年医疗状况

县第二人民医院1966年，县医院在黄疃庙筹建分院，以黄疃公社卫生所为基础，扩建房屋23间。县医院抽医务人员12人，带万能手术床、产床各1张，显微镜1台，病床30张，以及部分手术器械，与公社卫生所合并。1973年3月，改名“肥东县第二人民医院”，与县医院脱钩，医疗设备全归二院。抽去的医务人员撤回县医院。把合肥市工农兵医院(合肥市第二人民医院)下放的16名医务人员，编入二院。此后，下放人员陆续调回合肥市，县卫生局又重新调配医务人员。
1984年，全院有卫生技术人员23人，其中医师级5人，医士级12人，初级6人。医疗设备有：高倍显微镜2台，X机、高压消毒器、综合手术床、电冰箱各l台。外科能进行下腹部手术；妇产科能进行剖腹产、子宫全切除，以及计划生育4项手术。年度门诊37800人次，住院治疗902人次，对解决北部地区缺医少药起了一定作用。1985年6月，县政府决定撤销二院，固定资产和人员不变，改为黄疃乡卫生院，属集体所有制。
县中医院县内原无单独的中医治疗机构。1956年，曾组建7个中医联合诊所，1958年并入区、乡医院，中医人员分散在各医院从事中医门诊。县人民医院于1956年设中医科，1979年改为中西医结合科，病床22张。
1985年6月，新建县中医院于店埠青春路。设中医内科、妇科、伤骨科，并设西医内儿科。卫生技术人员15人，内有中医师5人，中药师1人；西师主治医师1人，医士2人。安徽中医学院副教授周夕林、巴坤杰等人，每周各来一次为病人诊断。日平均门诊50人。
县麻疯病院1959年9月，在青龙公社凤光大队林塘面自然村建立“肥东县麻疯病院”。配医务人员2名，杂工1名，首批收进30名患者住院治疗。1962年，迁至桥头集双山下，1966年又迁至人口稀少的古城公社东庄大队境内，病人活动区设在离院部2公里的蛇山脚下，病院房屋50间，其中医疗用房35间，设病床30张，先后治愈住院患者39人。1985年底，住院病人25人；另有院外患者59人，由病院定期送医送药。病人医药费由县卫生局拨款，标准是：住院治疗每人每年50元，院外治疗每人每年25元。住院病人生活费由县民政局拨款，标准是：每人每月补助12元，口粮30斤。病院根据病人情况，组织他们参加适当劳动，院内耕种山地60亩，饲养少量家禽，改善病人生活。
县卫生防疫站1950年，由县实验卫生院防疫课，办理防疫业务。1956年成立县卫生防疫站，配8人。1963年增至14人，设防疫组、地方病防治组，对县内传染病、地方病进行全面凋查，指导防治。同时建立化验室，作细菌培养、一般化学分析。1969年，与县卫生局、县医院、县医药公司、县妇幼卫生站合并为县人民卫生防疫站，原站撤销，13名卫生技术人员下放农村。防疫工作基本停顿。1960年恢复，配5人。1985年增至42人(卫生技术人员34人)，设卫生、防疫、化验、行政4个组。开展传染病调查分析和防治，进行食品毒物细菌检验、劳动粉尘毒物测定。
县妇幼保健站1950年，由县实验卫生院保健课，办理妇幼保健业务。1952年成立县妇幼保健站，配6人。1956年改为妇幼卫生站，配7人；并在撮镇、石塘、八斗、古城、元疃设立5个区级妇幼卫生站，每站配1人。1969年，县、区两级妇幼卫生站均撤销，卫生技术人员下放。1975年恢复县妇幼保健站。1984年增至17人(卫生技术人员14人)。除指导全县妇幼保健外，又在县城开设妇幼保健门诊部，设妇保科、儿保科、计划生育科。配有电冰箱、综合产床等医疗器械。
二、区、乡、镇卫生院
1950年12月，第一批建立西山驿、石塘、王子城、草庙、白龙、造甲店等6个区联合诊所。1956年底，全县建立区、乡联合诊所56个，设病床54张。除梁园联合诊所有一套不完全的产科器械外，均无重要医疗设备。
1957年，梁园、撮镇、长临河、石塘、古城、八斗、元疃、众兴等联合诊所，转为中心卫生所。1958年，区、乡卫生所和联合诊所均改称医院。全县有区、乡医院42所，病床432张。虽然实现了乡乡有医院的要求，但多为适应“大跃进”形势，一哄而起，医疗设备、技术力量、诊治水平比较差。其中三官乡办医院时，因无病房、资金、由党、政机关出面，指定本乡群众每人捐献1个鸡蛋，得款873元，调用民房7间，草草开业。1963年，改为7个区中心医院、11个公社医院、32个公社卫生所。1972年，区、乡医院和卫生所全部改为卫生院。
1985年，共有区中心卫生院7所，乡、镇卫生院50所。卫生技术人员676人(主治医师2人，医师级75人，医士级199人，初级400人)。共有病床794张，比1956年增长13.7倍。主要医疗器械有：X光机36台，高倍显微镜56台，高压消毒器52台，综合手术床24张，冰箱11台，心电图机2部，电动牙科治疗机2台。区、乡医院的房屋，自50年代起就不断增建。1966年统计，建筑面积已有20905平方米；1985年增至38130平方米，其中医疗用房18260平方米。
三、医疗室、医疗点、个体诊所
医疗室县内一些较大的厂、矿、学校设有医疗室，方便本单位职工、师生就近治疗普通病。有的医疗室设有病床。1985年，全县厂、矿、学校医疗室31个，设有病床55张；卫生技术人员138人，其中医师级21人，医士级109人，初级8人。
医疗点1956年农业社办保健室13个，1958年增至438个，当年秋随着农业社合并为人民公社而解体。1969年，人民公社生产大队建医疗室，数量最多的1976年有579个。1984年改为乡村医疗点(站)。1985年，全县共有乡村医疗点(站)627个，乡村医生657人，其中经县卫生局考核的448人。
个体诊所1980年以后，一些退休卫生技术人员，在乡镇开办个体诊所。1985年，全县在个体诊所行医的85人，其中医士级46人，初级39人。