乡村卫生所是1956年合作化时期兴办的。当时全县64个乡，除9个区所在地的乡未设乡卫生所外，其余55个乡都建立了卫生所或联合诊所。1968年因行政区划的变更，乡一级医疗卫生单位和9区1镇卫生院合并为23个公社卫生院。1972年又增设4个新划的人民公社卫生院。1979年撤销公社改设区乡时，27所公社卫生院有11所改为区镇卫生院，16所改为乡卫生院。由公社卫生院改为乡卫生院条件较好，有医务人员406人，房屋270间，5561平方米，大都设有西医内、外科和中医科、妇产科、中西药房、注射室、理疗室、针灸室。除开展防疫、保健和常见病、多发病的治疗外，还能进行一些危重病的抢救，施行人工流产、放环、男女绝育等计划生育手术，多数卫生院能够施行下腹部手术，杨柳、白沙乡卫生院还能施行上腹部手术。
此外，还有33个乡卫生院，是从1982年起采取卫生局拨款、当地卫生机构支持、群众集资三结合的建院方式陆续建成的，共有医务人员246人，房屋240间，5140平方米。一般条件较差，分科不细，只设内科、外科、妇产科、注射室、药房、化验室，能进行常见病、多发病防治，并担负计划免疫、地方病防治、卫生宣传等工作。
村卫生室是1956年农业合作化时期集体举办的，最早建立的是百善区鲁甸乡先锋社卫生室。初期称“保健室”，设备简陋。1958年全县建立卫生室60个，大力培养不脱产卫生员。1970年全县大办合作医疗，411个生产大队普遍建立了卫生室，每个卫生室有2至3名“赤脚医生”，其中有1名女“赤脚医生”负责全大队的妇幼保健工作。1978年以来，对全县卫生室逐一进行整顿，纠正了吃大锅饭、统得过死等弊病，落实了岗位责任制。至1985年底共有村卫生室449个，和区乡卫生院组成了农村三级医疗防疫网。