1958年8月27日至30日，本县成立了5个人民公社，即皇藏区东风人民公社、王寨区红旗人民公社、赵庄乡超英人民公社、杨阁乡东方红人民公社、刘套乡新华人民公社。到9月20日，全县共成立22个人民公社，实现了公社化。
1959年调整为19个人民公社。
人民公社成立后，实行“政社合一”，“工农商学兵五位一体”，以公社为经济核算单位，生产资料全部公有化，无偿调用；大办食堂，吃饭不要钱；集体住宿，按军事化要求，实行营、连、排、班编制，称之为“组织军事化，行动战斗化，生活集体化”。由于这种“政社合一”的一大二公体制，加上当时的浮夸风，严重挫伤了群众的生产积极性，农业生产受到破坏，农民生活十分困难。粮食产量，1958年维持在3亿多斤，1959年2.7亿斤，1961年不到2亿斤，1962年不到1.4亿斤。
1962年贯彻执行中央制定的《农村人民公社工作条例（草案）》（简称六十条），规定了以生产队为基本核算单位的“三级所有，队为基础”的体制，全县将19个公社划小为62个公社，辖550个大队，6110个生产队。公社规模基本上相当于原来的小乡。1964年全县粮食产量开始回升到2.2亿斤，1965年实行粮食征购“一定5年不变”的政策，促进了农业生产的恢复和发展，1966年粮食总产达到3.6亿多厅，略高于恢复时期的1952年的总产量。
这期间，经营管理方式多种多样。在生产计划上，一些生产队搞了《一年早知道》，群众有了明确奋斗目标，积极性较高；在作物种植上，除了抓粮食外，不少生产队注意抓棉花和其他多种经营，解决钱的问题；在评工记分上，有的实行“小段包工”，有的实行日清、旬结、月公布，但更多的生产队实行的是“男10分、女8分”，死分死记，干活大呼隆；在口粮分配上，有的是“人七劳三”，也有的是“人劳各半”。
1964年，本县开始了农业学大寨运动，初期，有些单位是把它当作生产典型学的，取得了一定的成绩。1968年出现了以改造盐碱地出名的学大寨的典型——郭庄大队。1970年安徽省革命委员会作出了“学大寨，赶郭庄”的决定，采取“大批判开路”开展“农业学大寨”运动。1974年，全县学大寨、赶郭庄达到狂热程度，县委决定“苦干二年，誓把萧县变成郭庄县”，这时已把郭庄大队当成“方向路线的典型”来学，“农业学大寨”运动，实质上已成为“文化大革命”体系中的组成部分。这一运动，直到粉粹“四人帮”以后才被制止。
本县十多年农业学大寨主要活动有：
一是从1971年开始，搞了6批“社会主义教育运动”，用整人的方法推广郭庄经验，与“文化大革命”相配合，使大批人挨批受斗；
二是搞穷过渡，乱并队，扩大核算单位，小公社又并成了大公社；
三是搞花架子，虚报浮夸；
四是实行“商业革命”，取消集市贸易，大割“资本主义尾巴”；
五是“重新安排萧县河山”，不惜劳民伤财，“引水上高山”等；
六是“以粮为纲”，片面强调粮食产量，搞单一经营，无视客观优势，砍掉不少多种经济作物；水源缺乏，却硬性规定种植40万亩水稻，使农业丧失了自我发展能力；
七是劳动报酬采取“不记工分、年终自报互评”办法，使分配上的平均主义进一步升级；
八是领导作风上，瞎指挥和“一刀切”盛行。
“农业学大寨”期间，人民群众在农田水利建设上也付出了巨大代价，颇多成就。如：萧濉新河的总出水口开宽加深，便于汛期泄洪；黄河故道中段的开挖，蓄了水，造了地；大沙河的清淤，不仅加快了排泄，而且减轻了两岸156平方公里的涝渍灾害和碱害；利民沟的改道，使岱湖不再受客水压力，减轻了涝灾；新打12321眼机井，平整了近60万亩土地，添置了大批农业机械，灌溉面积扩大到74.39万亩，从而改变了生产条件。
在这期间，虽然粮食、棉花、生猪几项农牧产品产量是上升的，但由于在不少方面违背了自然规律和经济规律，限制了生产队的多种经营和社员家庭副业收入，仗农业结构比例严重失调，生产成本高，出现一大批高产穷队，社员从集体分配的收入很低，1966年人均分配47.12元，到1976年人均分配只有48.37元。全县农业总收入，1966年6212.2万元，1976年10748万元，10年增长72.9%，而各种费用却增长135.7%，集体提留上升69.8%，人口增长34%。因此，农业的实际增长水平是非常低的。
中共十一届三中全会后，农业生产出现新气象，1980年，全县23个大公社，又分成70个小公社，恢复了区，1984年改人民公社为乡、镇组织。