民国20年(1931年)秋，国民党政府于城南九里沟，抄倪嗣冲家产1000亩地建飞机场，征集民工修筑，民国24年(1935年)竣工。抗日战争爆发后，蚌埠机场被日军占领，九里沟机场因与蚌埠太近，放弃不用。
民国31年(1942年)春，国民党政府又于现在的阜南县地里城李家集新修一处飞机场，经常有飞机起降，但后来由于洪水泛滥，逐渐被泥沙淤平，直至不能使用。
1957年，安徽省人民政府确定在阜阳建民航机场，地址选在城西南阜阳至阜南公路西侧的双谷堆处，征地约11万平方米，当年秋季施工。机场跑道长400米，宽50米，用厚度为20厘米的砖渣铺成，用于起降双翼安—2型运输机。
同年，在原址又扩建跑道600米(跑道总长1000米)，并在停机场加敷一层水泥。
1958年2月18日飞机场建成试航。航线为阜阳合肥，每日一班，星期日和阴雨天停航。后来，由于铁路与公路的运输能力增长较快，民航客货运量逐渐减少，1984年10月改为每星期二、六两班。
阜阳民航站的运输业务分客运、货运和专业运输，专业运输包括医务急救、救灾、灭煌、撒药、施肥、包机在内的专业运输。机场及民航运输业务由省民航局管理。
1960年春，小麦发生锈病，自3月初至5月中旬民航撒药防治小麦锈病达10万亩。
1975年夏，阜阳地区的临泉、阜南、颍上和阜阳等县遭受特大洪水，自8月14日至8月底民航出动飞机飞行367架次，空投救灾物资计17465公斤，接送医务人员80余人。在无夜行设备的情况下，昼夜抢救灾区群众。
1972年运行车日为730公里，年运行6.6万公里，运客总数36.47万人次。1977年公司成立后运行车日达3350公里，年运行39.9万公里，年运客总数304.3万人次。1984年运行车日6997公里，年运行66.4公里，年运客总数896.86万人次。详情见下表。
阜阳民航运输里程和客运量表