伊斯兰教在本县的传播始于清代。六安第一座清真寺建于清嘉庆初年，位于城关十八层下的南街(今庆安街)。以后，又在城关及枣树店、丁集等处相继建立清真寺。咸丰年间，城关的清真寺在太平天国起义的战争中颓圮过半。六安的伊斯兰教阿訇(教长)以咸丰年间(公元1851年～1861年)的马宏凝、同治年间(公元1862年～1874年)的刘正安、光绪年间(公元1875年～1908年)的金国华最为著名。民国17年，六安城关清真寺阿訇马少华，为解救被土匪李老末部抓去的10名百姓，声称愿替这些人用金钱赎命，待土匪释放百姓后自缢在清真寺内树上。民国时期，县内有信教回民千余人，组织过伊斯兰教分会，以管理教务。
建国后，据1959年调查统计境内共有伊斯兰教徒262户，计1059人，阿訇3人，全部是回民。他们分散在境内各处，比较集中的地点是城关、丁集、挥手店和枣树店等处。境内的清真寺，城关的一座因年久失修，已濒临倒塌，1979年，划归六安市属；枣树店和挥手店的清真寺也倒塌已久；丁集清真寺原有6间房屋，后只剩下3间，1986年被洪水冲坍，人民政府当即拨款修缮。教徒的职业，过去多是从事商业的小商贩，也有少数行医的，从事农业生产的不多。在50年代农业合作化高潮中有105户加入了汉人的农业生产合作社。1956年工商业社会主义改造中，城关和丁集的教徒，有25户办起了集体合作的回民食堂，其它小集镇也有15户小商贩加入了合作商店。城关的6户从事屠宰业的教徒，已成为国营企业工人。建国前，回族教徒与汉民的关系不好，尤其是因宗教信仰不同而引起的婚姻纠纷经常发生。建国后，人民政府注意民族宗教政策，对失业的回族教徒，特别是鳏寡孤独，给以照顾，党和政府还教育群众尊重少数民族的宗教习俗，同时也教育回族教徒克服狭隘民族主义思想，因此，加强了汉回团结。教徒的政治地位也有提高，1959年底，本县已有回族干部160人。1981年，教徒或被选为县第六届政协委员，1984年，教徒马先禄被选为县第七届政协委员。1986年，境内有回族教徒1396人，主要分布在徐集、独山、苏埠、城南、张店、东河口、双河、丁集、孙岗和三十铺等9个区及苏埠、独山、双河和毛坦厂4镇。