伊斯兰教于明代传入滁州，并在滁城南关外建有清真寺1座。
清代，随着回民的迁入定居，各地先后建起清真寺。清顺治年间(1644～1661年)，乌衣始建清真寺(址在乌衣大街)，有讲堂、水房、厢房数间。顺治十三年，滁城南关外的清真寺遭火毁，由当地回民筹款购置城内四牌坊东巷瓦房为清真寺。康熙四十九年(1710年)滁城穆斯林在滁城东乡大官塘附近置田50余亩，供滁城清真寺焚修之资，并立有《置田随寺永远碑》。道光年间(1821～1850年)章广的戚洼建清真寺，有田租4石。同治年间(1862～1874年)珠龙桥西处建清真寺，有大殿、厢房、水房等。建于清代的清真寺，还有曲亭黄峰岭清真寺，有正房3间及望月楼、水房等，均为砖木结构，尚存道光三年(1823年)立的《清真寺碑记》石碑，字迹已磨平，难以辨认。光绪四年(1878年)，城内的清真寺在原址重建。
民国初年，由章广的马姓回民在下高建清真寺，有大殿房屋3间，厢房3间，水房1间。民国3年(1914年)，迁居曲亭大柳的马姓回民在大柳(今大柳粮站东处)建清真寺，寺院坐北向南，为四合式院落，均为砖瓦结构。至民国25年，境内共有清真寺7座。抗日战争爆发，日军侵占滁州，珠龙、曲亭的大柳、黄峰岭3座清真寺被毁。民国30年，回民石正清拓建乌衣清真寺寺院，共建房屋20余间。民国36年，于乌衣清真寺内办回民义务小学，至民国38年停办。
新中国建立初期，尚有滁城、乌衣两处清真寺建筑；珠龙、曲亭黄峰岭、大柳、章广戚洼、下高，先后重建数间草房作清真寺。1958年4月底，安徽省民族事务委员会集中全省241名回族及伊斯兰教上层人士在合肥参加全民整风和社会主义教育运动，历时3个月。其间，章广戚洼清真寺阿訇仝道坤参加学习，被错划为“右派”，送生产队劳动改造。1961年，境内的宗教活动，如做礼拜、庆祝三大节日(开斋节、古尔邦节、圣纪节)基本停止，只有回民走坟、婚、丧事及宰割仍请阿訇。“文化大革命”期间，滁城清真寺被占用；乌衣清真寺为回民居住；其它清真寺仅存数间草房，无人看守，渐至倒塌，活动完全停止。1978年中共十一届三中全会后，人民政府落实宗教政策，错划右派予以改正。1983年7月，人民政府落实宗教团体房产政策，滁城清真寺归还穆斯林，并恢复正常的宗教活动。滁城的清真寺房屋经过修建，坐北向南共三进，总面积170平方米，为滁州市唯一的伊斯兰教活动场所。1985年开斋节，穆斯林在滁城清真寺举行庆祝活动。此后，每年举行三大节日庆祝活动，逢星期五主麻日做礼拜。1986年，人民政府拨款、珠龙31户回民筹资，在珠龙乡建砖瓦结构房屋2间，作清真寺。
滁城的伊斯兰教派，清光绪二十年至1968年属格底目，又称古派或老派，由金德麟掌教；1983年至今属伊赫瓦尼，通称新兴派，亦称道经派，由仝道奇掌教。
穆斯林的宗教管理事务，解放前由滁城回民中绅士或有声望者出面聘请阿訇处理事务。民国34年，乌衣镇回民组织成立回教协会，管理乌衣清真寺及回民事务，负责人王举钧。1951年，滁城穆斯林成立管理委员会，负责人金铎。“文化大革命”期间，穆斯林管理处于瘫痪。1985年6月20日开斋节，经穆斯林会议选举，组成了滁城清真寺管理委员会，李光明任组长，仝道奇任副组长。
境内的伊斯兰教早期阿訇姓名不详。清光绪二十二年，滁城清真寺阿訇为金德麟。民国年间，乌衣清真寺为李四、法中亮；珠龙清真寺为马德功、白玉坤、王家明、马华兴；曲亭大柳清真寺为盖某、袁胜保；章广戚洼清真寺为沙占魁、沙金涛。1950年，全县有阿訇7人，1961年有阿訇5人，1983年有阿訇2人，1987年仅有阿訇1人。
清真寺的经济来源，民国以前多由当地穆斯林捐助。解放初期，清真寺有田210亩，由农民耕种，收取田租。平时，阿訇为回民做事亦收取费用。土地改革后，清真寺的耕地分给农民。1959年为解决阿訇生活来源，人民政府安排2名阿訇在回民饭店当服务员。对于生活较困难的阿訇，人民政府给予救济，1983年，阿訇仝道奇来滁城掌教，先后在滁城回民饭店、地区清真糕点厂工作，靠工资维持生活；清真寺房屋政府在1983年、1987年两次拨款维修。
新中国建立初期，到清真寺礼拜的穆斯林约140人，占全县回民总数的8%。1955年参加星期五主麻日的穆斯林有20人。1983年后参加主麻日礼拜的穆斯林仅有10余人。