清光绪二十一年(1895年)8月，天主教江南教区在安徽成立芜湖总铎区，滁州隶属其统辖范围。光绪二十八年，和县天主教会中国籍神甫徐佩南来滁传教，租赁丰乐桥北巷民房2间为教堂，招收男女教徒。
民国2年(1913)，天主教在滁城仓巷内(今育新路地委大院内)买地7亩，建筑教堂1幢和一些平房。由于神甫缺乏，仅有1名“传教先生”住守教堂。其间，和县天主教会常派中籍神甫和法国、西班牙、意大利籍的传教士来滁主持弥撒、传教。民国10年9月，天主教江南教区划分江苏和安徽两个代牧区，至民国12年，蚌埠教区初步形成，滁县属蚌埠教区。民国18年，蚌埠代牧区由意大利传教士负责传教事务，亦称意大利教区。同年，滁县天主教堂由教区所统辖的凤阳天主教会管辖，每年由凤阳教会神甫定期来滁主持大的宗教仪式和传教事务。民国25年，滁县天主教正式成立，直属蚌埠教会。蚌埠教区主教派遣耶稣会意大利籍传教士魏怀德来滁，为滁县天主教会第一位住会神甫。次年底日军侵占滁城，天主教因是意大利人开设，没有受到日军的破坏，魏怀德借机发展教会。民国27年，滁县天主教女部成立(亦称圣母院)，由蚌埠总堂派遣献堂会修女凌俊主持，称之为“当家先生”。天主教男堂则有孙海涵、张福源等人辅助传教。来滁的修士、修女均为中国教徒，由蚌埠总堂安排，调动频繁。同年秋，教会在女堂东邻开办善导小学校(民国36年易名为晓明小学)。教会的修士、修女除辅助传教外，还兼任学校的教员，并发展学生为教徒，不愿者则受到歧视和冷遇。因此，教徒人数迅速增加，多数为学生。民国29年，教会将教堂紧邻和黄道十私有园地、住宅共35亩买下，扩建为教会园地房屋。此后，天主教发展较快。民国34年，滁县天主教下辖来安、全椒、嘉山等邻县教堂，常派教牧人员前往传教，主持宗教仪式。由于辖区扩大，教务繁忙，蚌埠教会于民国35年派遣意籍神甫来滁任副本堂，帮助开办“难童教养所”，次年调离。先后又派中、意籍神甫2人来滁任副本堂，不久又调离。民国37年秋，教会将“难童教养所”改为“孤儿院”。教会安排儿童在晓明小学读书，对其灌输宗教思想，然后领洗入教。教会还聘请技工师傅办起小型织布厂，织袜子、毛巾和土布。孤儿院的儿童每人一部纺花车，每天承受的任务是纺棉花条。直至滁县解放前夕，教会置有楼房2幢，平房50间，园地50亩，购置经费均由总堂供给。
滁州解放初期，意籍神甫魏怀德仍为滁县天主教会本堂，中籍神甫张太国为副本堂；女部有当家先生凌有先、修女沈义璋。此时，教会与邻县教会脱离关系，仍与蚌埠保持联系。教会的经费来源少部分仍依靠外籍供给，大部分靠地租和织布厂的收入。1950年3月织布厂停工，4月断绝了外籍经费来源。夏季，天主教会收到香港寄来一批书籍，其中许多书籍内容反动，被文教部门没收数百部。同年，魏怀德派张太国去南京与南京天主教“圣母军”指导司铎神甫联络，买回“圣母军”手册、军旗、军徽等，于8、9月份成立“圣母军”组织，任有团长、指导员；下分男、女两组，均有正副组长负责，定期进行秘密活动。其目的，对信教群众灌输敌视社会主义制度的思想，反对宗教界日益高涨的革新潮流。当时，信教群众要求宗教革新、割断与帝国主义联系的运动，已无法阻挡。1951年3月，滁城天主教徒应邀参加宗教界抗美援朝、反对美国武装日本爱国行动大会和在基督教堂的签名活动。同月，公安机关查出天主教会窝藏五河县4名罪犯，由五河县公安局捕回。“圣母军”的秘密活动遂告停顿。6月，该组织被公安机关侦破。7月，滁城爱国天主教徒通过选举，成立滁县天主教“三自”(自治、自养、自传)革新促进委员会。委员会成立后即接管原教会的财产，并组织群众揭发意籍魏怀德的罪行。9月，人民政府接管孤儿院和晓明小学，对20多名孤儿进行安置，晓明小学改办解放小学。11月2日，在滁城召开了600多人的公审大会，政法机关对魏怀德公审后，将其武装押解，驱逐出境。此后，滁县天主教由神甫张太国主持。教会因教徒迁移、参加工作等原因，人数逐渐减少。神甫和修女也从事园艺劳动，以供自养。1955年，张太国因涉及参予反革命集团案被逮捕判刑。1960年唯一的修女凌有先因年老被接回蚌埠总堂。
新中国建立初期，滁县共有天主教徒500多人，实际去教堂的只有100多人。1955年后，滁县天主教会因无神甫主持宗教事务，活动渐趋于停止。1957年有教徒180人，参加礼拜人数30多人。1958年圣诞节，参加人数仅12人。之后，滁县天主教会因无一教牧人员而停办。