1958年8月29日，中共中央政治局作出《关于在农村建立人民公社问题的决议》后，全区迅速掀起人民公社化高潮，一个月左右成立48个人民公社。公社平均规模七千多户。其中万户以上公社有11个，基本上是一区一社或一圩一社。
人民公社既是工农商学兵五位一体、政社合一的基层组织，又是社会主义集体所有制基本核算单位。由于指导思想过“左”，加上公社权力过分集中，1958年至1960年普遍刮起“五风”(“共产”风、浮夸风、强迫命令风、生产瞎指挥风、干部特殊化风)，大搞“一平二调”；不切实际地推行“供给制与工资制相结合”的分配制度；实行“组织军事化，行动战斗化，生活集体化”；大办公共食堂，吃饭不要钱；大批劳力抽去大办钢铁，砍伐树木，等等。加上自然灾害影响，使农业生产遭到严重损害。粮食连续三年减产，到1960年，产量下降到解放后最低点。农民基本生活得不到保障，出现饿、病、外流和非正常死亡，农村人口锐减。
1960年底，地、县党委派出大批干部和医务人员下乡，发动农民加强越冬作物田间管理，整顿公共食堂.治疗各种疾病。按照党的政策，制止平调，组织退赔，共退给集体和个人现金及各类物资折款1269万元，占平调总数的46.6％。1961年3月；中共安徽省委决定在全省推行包产到队、定产到田、责任到人的“责任田”办法，激发了农民的积极性，全区有95％的生产队实行了这种办法。是年6月，按照《农村人民公社工作条例(修正草案)》规定，把劳力、土地、耕畜、农具固定到生产队。恢复社员自留地，停办公共食堂，取消分配上的供给制和工资制。并于下半年调整社队规模，全区共划168个公社，大队、生产队亦相应划小。1962年2月以后，根据中共中央《关于改变农村人民公社基本核算单位问题的指示》。人民公社实行三级所有，队为基础，生产队是基本核算单位，解决了自高级社以来即已存在、人民公社后更为严重的生产队之间平均主义问题。这一系列措施，挽救了濒于崩溃的农村经济，使农业生产开始回升。1963年和1960年比较，农业总产值增长26.12％，粮食产量增长60％，油料、棉花分别增长1.3倍和2倍。
1964年，本区农村分期分批开展“四清”(清理账目、仓库、财物、工分，中央《二十三条》下发后，改为清政治、经济、组织、思想)运动，地委主要负责人率领干部，先后在繁昌、宣城县蹲点，指导运动深入开展。“四清”运动清理了一些干部“四不清”问题，帮助社队建立健全财务、物资和生产、劳动等各项管理制度，引进和推广苏、浙两省先进地区科学种田经验，农民生产积极性和农业生产水平都有一定提高。1966年，农业总产值比1963年增长45.32％，粮、油、棉产量分别增长22％、1倍和3.4倍。但由于“四清”斗争矛头指向所谓“党内走资本主义道路的当权派”，使一部分基层干部受到不应有的打击，挫伤了积极性。
在十年“文化大革命”中，本区农村广泛开展“农业学大寨”运动。先后九次召开全区性学大寨会议，地、县、区、社分批组织干部去大寨以及本省和邻省学大寨典型社队参观学习。“农业学大寨”运动，对农村自力更生大搞农田基本建设，改善农业生产条件，推广农业科学技术，起了一定推动作用，取得明显效果。但也学了一些“左”的东西，一些地方“穷过渡”，实行大队核算，搞新的平均主义；把社员正当家庭副业和自留地、开荒地当做“资本主义尾巴”割掉；批判“工分挂帅”，推行“大寨工”(大概工)；片面强调“以粮为纲”、“劳力归田”，搞单一经营；等等。因此，农村经济发展缓慢，且处于不稳定状态。十年间，虽然农业产值和粮、油、棉产量有一定提高，但农产品统、派购任务大，用于开山、挖河钱粮多，社员口粮标准和实际收入增加不多。人均口粮徘徊在四五百斤，收入七八十元，劳动日值七八角钱。据1977年统计，人均收入不足60元的生产队占21.9％，分配不能全部兑现的生产队达70％，超支户达30％，人均超支款87.4元。集体经济十分薄弱，许多社队几乎成了空壳。