一、两晋屯田
晋初取消民屯后，军屯依然存在，军屯的中心在淮南、淮北与孙吴接壤的边境地带。
晋武帝泰始二年（266年）十二月，“罢农官为郡县”时，诸葛诞于同年反晋，曾收集淮南、淮北郡县屯田口10余万人，屯田区粮食的积贮足够一年食用，可见晋初两淮屯田区规模之大。其中芍陂（今寿县安丰塘）屯田区和石鳖屯田区（洪泽湖附近）尤其受到重视。邓艾曾在石鳖筑城，举办屯田，作白水塘，北接洪泽湖，屯田1．3万顷。
咸宁四年（278年），度支尚书杜预在上疏中提到豫州地方（州治在今亳州市），度支所管的军屯区有水屯稻田7500余顷，这些军屯区建设了大规模的灌溉系统。
大兴二年（319年），经永嘉之乱后，芍陂屯田区荒芜了，所以后军将军应詹建议：“寿春（今寿县）一方之会..宜选都督..专委农功”，以恢复这里的军屯，要求广泛建设屯田，使“带甲之士，随宜开垦”（《晋书》卷26，《食货志》）。
晋元帝时（317～322年），率部北伐的祖逖在亳县屯田取得了成效。祖逖爱护下属及士兵，多次战败石勒，攻克谯城（今亳州市）。自己十分节俭，劝督农桑，并命子弟耕耘，以解决粮饷，他决定“佃于城北，虑贼来攻，因以为资，故豫安军屯，以御其外，谷将熟，贼果至，丁夫战于外，老弱护于内”（《晋书》卷77，《蔡谟传》）。晋在今淮北前沿阵地建立军屯，且战且耕，如此进行多年，于是黄河以南尽为晋土，祖逖孤军北上抗敌，取得一系列胜利，与建设屯田区，有足够的军粮是分不开的。
晋明帝时（323～325年），温峤建议增兵寿阳（今寿县），“可以保固徐、豫，援助司土”。地方州县要多派人“劝课农桑”，“诸外州郡将兵者及都督府非临敌之军，且田且守”，“缘江上下，皆有良田，开荒须一年之后即易”（《晋书》卷67，《温峤传》）。明确提出在长江沿岸一带开垦荒地，由两军轮流更休。这些屯田建议都被采纳。
晋穆帝时（345～361年），出兵北伐，行军统帅殷浩领兵在淮南开垦荒田千余顷，作为军粮。殷浩在镇守寿阳时“收罗向义，广开屯田”。还重用了28岁的青年指挥官荀羡率兵“北镇淮阴，屯田于东阳之石鳖”。殷浩为配合向华北进军，在淮南宝应湖一带推行军事屯田，取得了“公私利之”的好成绩。
永和九年（353年），在后秦建国之前，羌人姚襄曾投奔东晋，驻屯谯城、历阳（今亳州市、和县）一带，在两淮广兴屯田，训练将士，由是兵强粮足。两晋时代淮河流域的军屯始终存在，有些地区颇有成效。
二、南朝屯田
南朝屯田主要分布在与北朝接壤的寿阳、淮南地带，由驻防在这些地方的军队抽出一部分兵力从事轮流屯垦。屯田重点地区在芍陂和石鳖，历朝对这两个地方都加以整治。
东晋义熙十二年（416年），宋武帝刘裕为中外大都督，为准备北伐后秦，命谘议参军毛修之恢复芍陂屯田，“起田数千顷”，使军粮有了着落。宋文帝时（424—453年），刘义欣为豫州刺史，镇守寿阳，利用原有沟渠引淠水入芍陂，恢复“芍陂良田万余顷”，获大丰收。元嘉二十八年（451年），江夏王义恭为兖州刺史，镇盱眙，宋文帝以“兖土凋荒罢南兖”（今凤阳、滁州市以东地区）并于南徐州（今嘉山、来安县以东地区）。还设立了淮南都督，住盱眙，开创屯田，应接远近。
南齐建国之初（479年），垣崇祖在寿春与北魏交战小胜。建元二年（480年），高帝命令他修治芍陂屯田，以充军粮。“卿视吾是守江东而已邪？所少者食。卿但努力营田，自然平殄残丑”（《南齐书》卷25，《垣崇祖传》）。身为豫州（州治在今寿县）刺史、平西将军的垣崇祖，接受高帝命令后，积极在寿春地区用兵士耕作，建立军屯，巩固军事上取得的胜利。此时，北方正是孝文帝在位，国力强盛，多次派兵南下蚕食南齐。到明帝时，淮南部分地区被北魏占去。在“连年虏动，军国虚乏”的情况下，建武四年（497年），尚书令徐孝嗣上书请立屯田。他说：“淮南旧田，蠲处极目。陂竭不修，咸成茂草。平原陆地，弥望尤多”。造成“士多饥色”。建议恢复淮南的屯田，设置专管机构主持屯田，州郡县刺史郡守令长负责查勘屯田，驻戍主帅以下轮流耕作，国家供应耕牛田器，如种稻时间已迟，可播种菽麦，年终进行考核等。
梁武帝普通年间（520～526年），裴邃为豫州（州治在今寿县）刺史，又重修芍陂，进行屯田；其侄裴之横，带领数百人，继续努力经营芍陂屯田，“遂致殷积”。梁朝初年（502年），国力较南齐为盛。夏侯亶为豫州刺史镇寿阳，当地遭受战乱，“百姓多流散，..轻刑薄赋，务农省役”，民户由此得到安定，农业生产很快恢复了。中大通六年（534年），他的弟弟豫州刺史夏侯蘷，有兵万余人，战马2000匹，看到地方连年战乱，百姓流离失所，于是“帅军人于苍陵立堰，溉田千余顷，岁收谷百余万石，以克储备”。有兵有粮，兵强马壮，“为当时之盛”。他在寿春前后七年。兄弟二人都有一定政绩，有恩于寿县地区，人民歌颂他们说：“我之有州，频仍夏侯，前兄后弟，布政优优”（《梁书》卷28，《夏侯蘷传》）。可见南梁在安徽境内的屯田是有成效的。
陈朝的屯田垦殖沿袭前代成例。陈太建六年（574年），吴明彻进屯淮上，陈宣帝下诏说：“仍出阳平（今灵璧县）仓谷，拯其悬磬，并充粮种，劝课士女，随近耕种石鳖等屯，适意修垦”。“有能垦起荒田，不问顷亩多少，依旧蠲免”（《陈书》卷5，《宣帝纪》）。由于广大屯田农民的辛勤努力，淮南地区的屯田得到扩展。
两淮地区是南朝的重要屯田区，这里土地肥沃，流民集中，寿县附近有芍陂灌溉农田，地方千里，“良畴万顷”，石鳖屯区是重要谷仓，都是规模较大的屯田区和产粮地。元嘉（424年）以前，淮南是重要产粮区。元嘉末（453年），由于宋魏战争，淮南屯田区遭到破坏。经过齐梁的经营，寿县附近出现了“陂田之饶”，阳平、石鳖“田稻丰饶”，苍陵立堰良田千余顷，年产谷百万余石，军屯区一遍兴旺。
三、北朝屯田
北魏孝文帝拓拨宏和宣武帝拓拨恪都极重视东南边境两淮地区的水旱屯田。太和五年（481年），彭城（宿州市一带）镇将徐州刺史薛子虎奏请屯田。“徐州（今淮北市与萧县一带）良田10万余顷，水陆肥沃，清汴通流，足以灌溉。..兴置屯田，一岁之中，且给官食。半兵芸殖，余兵屯戍，且耕且守，不妨捍边。一年之收，过于十倍之绢（当时士兵生活靠12匹资绢）；暂时之耕，足以充数载之食”(《资治通鉴》卷135，《齐纪》1，高帝建元3年)。这个建议有利于巩固北魏政权，确能解决士兵衣食问题，所以被统治者采纳，并迅速付之实施。太和十二年（488年），孝文帝问群臣安民之术。秘书丞李彪建议发展屯田：“别立农官，取州郡户十分之一，以为屯民。相水陆之宜，断顷亩之数。以脏赎杂物，市牛科给，令其肆力。一夫之田，岁责60斛。甄其正课，并征戍杂役”(《魏书》卷110，《食货志》)。接着就在淮北大开屯田。宣武帝正始元年（504年）九月，命淮南、淮北的部队，“皆令及秋播麦，春种粟稻。随其土宜，水陆兼用。必使地无遗利，兵无余力，比及来稔，令公私俱济也”(《魏书》卷8，《世宗纪》)；冬季，命义阳（今河南信阳）太守范绍为西道六州营田大使，调河北几个州的屯田兵2．5万人，以及驻淮戍兵，合5万人，广开屯田。范绍“勤于劝课，频岁大获”。宣武帝在准备南侵前，积极开发两淮屯田，贮备军粮。孝明帝神龟、正光时（518～524年），继续注意江淮地区的开发，“仍世经略江淮，于是转运中州，以实边镇。百姓疲于道路，乃令番戍之兵，营起屯田”(（魏书）卷110，《食货志》)。东魏孝静帝武定中（约546年），在兖（今亳州市）等今淮北地方进行屯田。北齐乾明中（约560年），尚书苏珍芝建议修复石鳖屯田区，每年收获粮食数万石，于是淮南的驻军粮食充足。
南北朝时期，两淮地区连年战乱，广大人民迫于兵灾，不得不流落他乡，剩下大片荒土，使统治者能在这个地区发展屯田，促进农业生产的发展。