创建农场的头三年（1949～1952年），由于缺乏经验，安徽省国营农场的办场方针十分模糊。如1950年2月，皖北行署农林处确定各农场的业务性质和方针是进行良种试验，这显然太窄。1953年，中共中央提出“投资少、收效快、收获大、不与民争利”的办场方针。国营农场管理局明确农场的任务是：“增产粮食、示范农民，培养干部与积累经验”，并将“扭转供给制思想，实现企业化经营”作为改进经营管理的目标。从此，全省农场才有了方针可以遵循。同年，中共安徽省委农村工作部组织力量，对全省大型农场派出工作组，由省农场管理局配合，对正阳关农场进行了一个多月的重点调查，分析建场几年来的生产经营状况，提出改进意见。认为人畜力、机械“两套人马”是造成该场亏损的重要原因之一，建议实行定员定额，多余人员调出支援新建农场。因此，1953年是对国营机械农场加强领导，确立方针，发展生产，改进经营管理的重要一年。
新农场相继建立。“一五”期间（1953～1957年），省农场管理局，按照省政府的部署，根据中央提出的办场方针，对全省沿淮、沿江及皖南丘陵地区的荒地进行有计划的调查和勘测。先后建立起宣郎广农场（1954年4月）、潘村湖农场（1954年5月）、华阳河总场（1955年5月）、阜蒙农场（1956年9月）、淮南农场（1956年6月在淮南市示范农场基础上扩建）以及方邱湖农场马厂湖分场（1955年建立，1958年独立）、寿西湖农场东风湖分场（1956年1月建立，1958年独立）、正阳关农场焦岗湖分场（1956年3月建立，1958年独立）。“一五”期间，省农场管理局直管的农场除早期建立的方邱湖、正阳关、寿西湖3个老场进行扩建外，新建了宣郎广、潘村湖、华阳湖、阜蒙、淮南等5个农场以及代管的大柳、淮南两个牧场。拥有拖拉机98台（折合207．29标准台），耕地272003亩，职工2872人，人均占有耕地94．7亩，生产粮豆3097．1万公斤，棉花25．8万公斤，油料131．8万公斤。粮豆商品率48．7％，是安徽农垦迅速发展的阶段。
在此期间，当时属于安庆专区领导的皖河青少年农场（1957年建场，1958年底划归省管），属于芜湖专区的宣城园艺场（今敬亭山茶场之一部分），省财贸系统的白米山、周王两个农场（1956、1957两年建场，1962年划归省农垦局），属于劳改系统的九成坂农场、砀山果园场也先后建立（两场于1975年划归省农垦局）。这些农场后来发展成农垦系统的农、茶和水果生产基地。
艰苦奋斗，勤俭办场。“一五”计划期间，国家开始大规模的经济建设，中央提出“厉行增产节约，勤俭建园，勤俭办一切事业”。国营农场遵循这个指导方针，力求“少花钱、多办事”，艰苦奋斗，勤俭办场。一是采取老场带新场，即母鸡下蛋的办法建新场。以老场为依托，利用老场的人力、物力和管理经验，就近垦荒建新场，这是“投资少、见效快”的好办法。方邱湖开辟马厂湖分场，正阳关办焦岗湖分场，寿西湖建董峰湖分场（今东风湖农场）以及宣郎广、潘村湖、华阳河等农场，建场时都从老场抽调干部、劳力、机械和种子进行支援。这条经验一直延续到后来龙亢农场开辟大圹圩，方邱湖农场开辟夹沟、水家湖等农场。这种做法，节约了投资，缩短了投产周期，基本上做到当年开荒当年生产。二是因陋就简，边生产、边建设。为了“节约每一个铜板”支援国家经济建设，农场领导以身作则，全体干部职工形成共识，坚持艰苦奋斗，勤俭办场的方针。新建农场没有住房，就借用当地公房、民房、庙宇、祠堂；或是搭帐篷、建草房，吃大锅饭，睡地铺，几十人挤在一起，过着集体的艰苦生活。潘村湖农场建场时，借用一间民办小学教室办公和几家民房落脚。开荒点则搭帐篷，挖土井，垒锅灶。生产工具除了几台拖拉机和犁耙以外，每人一把锄头一把锹，一根扁担一把镰刀，白天干农活，晚上挑烧草，起早贪黑，披星戴月忙着开荒、修路、挖沟、筑堤、建房，全靠自己动手。没有运输工具，就靠人挑肩扛，继而代之以牛车、马车，后来才有少量拖车和汽车。农忙季节，劳力、运输力量不足，就请当地机关、学校、部队派人、派车支援，或用少量临时工。一切从节约开支着想。那时，每个农场几乎都经历过这样的发展过程，充分体现了艰苦奋斗，勇于开拓的农垦精神。
建国初期办农场时，因条件限制，未经周密调查和勘测就进行开荒建场，曾出现一些失误和后遗症。1953年2月，农业部颁发了《国营农场建场程序办法》，省农场管理局成立了土壤勘测队，坚持先勘测调查，符合建场条件的，报上级批准，再组织建场筹备委员会。筹委会请当地中共党委和政府主要领导担任主任或副主任，便于解决周围群众的土地、水利、交通等问题，能得到他们的支持和帮助。建场筹委会的任务之一，是要主持农场的规划设计，提出投资预算、开发价值和远景规划，按国家规定的限额形成《设计任务书》、《初步设计》和《技术设计》三种文件，经上级领导机关批准后，方可正式组织实施。“一五”期间新建的宣郎广、潘村湖、华阳河等农场，都经过这样的程序。实践证明，坚持勘测、规划设计的建场程序，是一项科学、民主的决策过程。认真贯彻执行，就能收到投资少、见效快、收获大，与群众的纠纷少的效果。可惜，在以后的“大跃进”年代里，新垦的荒地和建场，未能按这个程序办，造成不小的损失。
在农场规划设计方面，当时提倡学习苏联的经验，照搬照套，脱离了中国国情。50年代设计农场的“条田”时，为了单方面提高机械作业效率，要求条田越长越好，一块田长2000米以上，宽300米，面积达900多亩。结果，土地难以达到平整一致，庄稼高矮不齐，产量悬殊很大，而且田间管理很不方便。以后不得不返工改造，造成很大的浪费。
确立生产经营方针。1953年，省农场管理局提出“扭转供给制思想，实现企业化经营”。1954年又要求各场因地制宜，充分发挥土地利用率，进行多角性经营。提出：沿淮农场，在淮河未根治前，采取“保麦争秋”的生产方针（一季小麦比较保收，秋季常受水灾，应有把握地争取）。1956年则改为“扩大确保区，巩固保麦争秋，有把握地利用一水一麦区”；对丘陵地区的宣郎广农场，要求“1954年冬播茶园2000亩，逐年发展茶、漆、油桐等经济林，以合理利用土地”。提倡养猪积肥，要求各场自1954年起，五年内逐步实现每10～15亩耕地养肥猪1头，每100～200亩养种猪1头。
建立规章制度。1953年初，省农场管理局规定，全省国营农场必须认真贯彻执行农业部颁发的下列规章制度：《国营机械农场建场程序暂行办法》、《国营农场经营规章》、《国营机械农场财务规章》、《国营机械农场机务管理规章》，以及国营农场生产财务计划表和年终总结报告表。1954年4月，省农业厅制定《安徽省国营机械农场机具作业查定工作办法》等。
实行计划管理和财务管理。从1953年起，全省国营农场试编年度生产财务计划、基本建设计划、物资计划以及田区计划。在财务管理上，按照省财政委员会的统一部署，农场各自清理资产、清理资金，在此基础上建立帐务，划分资金运用范围，从严掌握开支。农场对下实行分区负责，按作业区或按机车，分单位明确责任，分别核算成本。
试行记件工资制。1954年，正阳关农场按照省农场管理局的要求，将编余工人组成基建大队。负责本场水利建设工作，按定额完成土方计酬，超额部分多劳多得。1955年，省农场管理局派工作组到该场进行定额管理试点。1956年，全省机械农场大多数试行了定额计件工资制，凡是可以按定额计算的都按定额计酬。这些办法，对提高工效，降低成本，增加个人和农场收入都起了积极作用。
农场初创时期，除由上级委派场长外，一般只配备几名办事人员，如人事干事（或秘书）、技术员、会计、总务和机耕队长等人员组成临时工作班子。下辖机耕队和若干农工队，在场长直接指挥下从事生产，缺乏健全的管理机构和管理体制。随着农场数量的增加和生产规模的扩大，农场内部管理机构和管理体制，相应地要求正规。从1955年起，省农场管理局规定：1～3万亩的农场，场部设立办公室、会计室、作业室和基本建设办公室。场部以下设机耕队和若干农工队，实行场、队两级管理；3万亩以上的农场除场部机构相同外，下设作业区（或管理区）。作业区以下设机耕队和若干农工队，实行场、区、队三级管理。
“一五”计划期间，全省农场的规模、生产和管理水平都有很大的发展和提高。正阳关农场1955年开始盈利；华阳河总场1956年开荒，当年盈利4．7万元，翌年又盈利10．7万元。安徽农垦规模已经形成，全民所有制机械农场规模经济的优越性和对农民的示范作用进一步显示。同时积累了经验，锻炼和培养了一批懂生产、会管理的干部。职工牢固树立“以场为家”的思想，素质提高。但是困难和问题也不少：一是农田水利建设未跟上，洪涝威胁大。1954年，长江、淮河多处决堤，三个老场和新建的潘村湖农场全部被淹。1956年6月初，连降暴雨，沿淮农场全部内涝成灾，损失严重。这些农场地处湖洼地区，水旱灾害频繁，秋季作物多数不保收；二是农业产量低，成本高，经常亏损者多；三是农牧业结合不够，生产单一化，农副产品、劳力、设备利用率低，开支大、收入少，制约了经济发展。
1958年，国家在完成第一个五年计划之后，转入社会主义经济建设阶段，全省国营农场出现了蓬勃发展的新气象：农业大丰收，畜牧业大发展，农田基本建设掀起高潮，经营管理水平得到提高的一派大好形势。但是不久，随着“大跃进”和人民公社化运动，将安徽农垦推上了一条艰难曲折的道路。一方面，老场获得一定发展，并建立了一些新场；另一方面，由于左的急燥冒进错误，刮起“浮夸风”和“共产风”，损害了欣欣向荣的大好形势，使农垦经济在发展中遭到很大挫折，直到经过三年调整（1963～1965年），方得到复苏。
农场下放与恢复。1958年8月，中共安徽省委决定：“为了加强国营农场的领导，更好地搞好农业生产，决定将省属国营农场全部交给所在地、市、县领导”；10月25日，省委又发出《关于省属国营农场下放有关问题的通知》，规定：“农场下放后，农场所需基建和生产资金均列入地方预算，物资（包括农业机械、种子、化肥、农药等）均向所在县、市申请调配”。“农场下放后，农业厅仍负责在业务上予以指导”。还规定：“有些农场可以将周围农业社合并，成立人民公社，保留农场或建立人民公社均由所在县委根据具体情况决定”。于是全省农场管理体制发生重大变化。省农场管理处（省农管局于1958年8月改为农管处）在1958年工作总结中称：“农场下放后，出现了三种形式，第一类，仍保持原国营农场现状未变，如阜蒙、龙亢、焦岗湖、董峰湖等4个场；第二类，吸收附近乡社或移民，统一领导，分两种所有制核算的有正阳关、方邱湖、宣郎广、寿西湖、华阳河、淮南、皖河等7个农场；第三类，把农场并入公社，统一经营管理，变成人民公社机耕专业大队的有潘村湖农场和方邱湖农场的马厂湖分场。第二类7个农场，共划进10个乡，46个农业社，26392户，115578人，增加耕地38万多亩；加上第一类4个农场共11个农场，总耕地达75．5万亩，职工、社员及家属12万多人。
1959年5月，农垦部华东工作组调查了安徽几个下放的国营农场，提出了存在的平调问题，产品收购问题和体制问题；10月，中共安徽省委农村工作部调查组《关于国营农场下放后情况的报告》中，提到农场下放后的三条好处，也指出了存在的五个问题。“三条好处是：当地党政机关对农场的领导加强了；农场范围扩大了，人力增加了；彻底解决了场群关系，场社成了一家。五个问题是：①国营农场性质变了。既有全民又有集体，既是企业又是行政单位，是农场又有些象公社，对内不易核算，对外工作也有困难；②组织机构问题，并进乡社以后，有的将科室改为部委，吸收乡社干部参加农场领导，淮南、方邱湖等场仍是场和乡两套机构；③分配问题。场社合并后，农场职工拿工资，而并入农场的社员是吃饭不拿钱的供给制，他们要求农场发给少量零用钱；④经费问题。今冬明春生产资金还没有着落；⑤机具问题。在‘大办钢铁’中，农场拖拉机被调走一部分，有的缺少零件不能修复”。
1959年6月～11月间，省委针对农场下放后存在的问题，发了两个文件。6月23日《安徽省委关于加强国营农场工作领导的通知》中，除了重申农场下放地、县委加强领导，并负责解决资金和物资供应外，决定将宣郎广农场收归省直接领导；11月12日，省委又发出（59）1042号文件《关于国营农场、劳改农场作为商品基地和领导关系的决定》。将正阳关、方邱湖、寿西湖、宣郎广、华阳河、淮南、阜蒙、龙亢、皖河、董峰湖、焦岗湖等11个国营农场及白湖、砀山等10个劳改农场，作为商品生产基地，归省直接领导。至此，原下放的省属国营农场于1961年10月以前，均先后收归省农业厅领导。
农场生产经营状况。1958年，全省国营农场生产经营和管理水平都有较大提高。省农场管理处1959年初统计：12个国营农场耕地面积397428亩，全年生产粮豆1987万公斤，比上年增长64．9％；棉花30．5万公斤，增长50％；油料74万公斤，增长30．9％；开辟茶园1．8万亩；养猪21878头，出售肥猪4191头；兴办工副业厂坊46个，产值达170余万元。宣郎广农场生产的粮食比上年翻了一番，盈余30万元。
农场下放后，省农业厅国营农场管理局改为农场管理处，人员由36人减为24人，科室改为组，对农场的领导由直管改为间接管理，相应地削弱了领导力量。1959～1961年，农业上遇到三年自然灾害，出现了农业减产，粮食紧张，职工生活困难，劳动效率低等现象。同时，农场下放后，管理制度废驰，经营不善。省农场管理局（1961年恢复为局）在《关于第二个五年计划期间的情况与经验》中称：“存在的问题很多，集中表现在严重的“三低一高”现象。与1957年相比，劳动生产率下降60％，单位面积产量下降20～30％，粮食商品率下降58．4％，生产成本提高15～30％。造成“三低一高”的原因，除了自然灾害较重，生产资料提价和社会负担较重以外，主要是相当一部分农场干部缺乏办企业观点，铺张浪费严重。1962年清仓，发现物资损失达117．4万元，固定资产损失达95．5万元。其次是职工和职工家属增加过多，耕地面积比五年前的1957年增加1倍，职工增加8倍（职工为32818人，其中安置城市下放工人6092人，下放学生9467人），连同家属（10422人）增加9倍。这些问题都直接或间接地影响农场的经济发展。
但是，“大跃进”期间，广大农场干部、工人，克服各种困难条件，艰苦奋斗，农垦事业仍得到一定的发展。
大力发展畜牧业。1959年初，中央提出：“国营农场应成为商品生产基地，专门生产出口需要的大豆、油料、花生、畜禽肉蛋、奶制品等农畜产品，并使产品种类和数量逐年增加”。此后，宣郎广、华阳河、正阳关、方邱湖等农场相继办起了万头猪场和万只养鸡场，各场均成立了畜牧场或畜牧队，有的场还成立多种经营办公室，并探索养猪机械化问题。尽管万头猪场、万只鸡场一哄而起，近于浮夸，但畜禽饲养量确有一些增加。1959年，全省农垦共养猪53483头，比上年增加1．44倍，交售猪肉55．9万公斤，年终存栏25172头，比1958年增加一倍半。养家禽75万只，交售禽肉21．9万公斤，年终存栏13．3万只。这对增加国家外汇收入，推动农场多种经营发展，都起了积极的作用。奶牛生产也相应地获得发展，由1956年的19头，增加到1962年的195头，五年间产奶132．4万公斤。之后，由于资金、技术、管理跟不上，特别是饲料紧缺，畜牧业开始滑坡。
盲目扩大开荒。在“大办农业，大办粮食”的方针影响下，1960年初，全国农垦湛江会议制订当年开荒3500～5000万亩的计划。中共安徽省委于同年2月批准省农业厅计划当年新垦荒地20万亩；5月，农业厅派员勘测安庆专区的桐城、枞阳、贵池、青阳、东至及安庆市等6个县市境内的菜子湖、东南湖、黄盆湖和木镇湖，计划垦殖29．4万亩。1961年冬，根据省委要求，1962年全省国营农场增产粮食1．75亿公斤，除已编报1．5亿公斤计划外，再扩大开荒80万亩，增产粮食3600万公斤。上述垦荒计划，明显受浮夸风影响，脱离当时人力、物力、财力的实际可能，指标过高，要求过急，因而垦了不少荒，也丢了不少地。至1961年底，开荒16．7万亩，其中有5万余亩，因与群众土地关系未解决，而退还人民公社，有3．6万亩水利未解决而放弃。五年间先后开荒34．6万亩，实际保留下来的仅12万多亩，教训是很深刻的。
“大跃进”中，国营农场还是有一定发展。新增农田12．5万亩，全省最大的国营农场——华阳河总场的规模开始形成（由1957年的5万亩发展到10．7万亩），皖河、龙亢、水家湖、东风湖（即董峰湖）、焦岗湖、马厂湖、唐垛湖、夹沟等农场相继建立或完善。连同1962年划归农垦的白米、周王两农场，这时省农垦共有农场16处。
增加基础建设。“二五”计划期间（1953～1957年），国家对省农垦共投资1501万元，年平均投资300万元，相当于“一五”期间的4倍多。各场的水利建设、场区建设，道路建设以及其他建设项目均提到议事日程。如开挖干支渠，修建圩堤，兴建闸、站等，新增排灌动力84台，共4487千瓦。1959年起，部分农场开始使用高压电。大规模的水利建设，改善了农场生产条件，使有效灌溉面积达到72250亩，比1957年增加2．06倍，旱涝保收面积达到47800亩，较1957年增加2．19倍。
技术教育与技术革新。50年代初，随着农场的建立和发展，技术教育与技术革新不断开展。拖拉机手培训班、业余技校以及众多的技改项目都在生产中发挥了作用。1958年7月，中共安徽省委农村工作部发出《关于场、站办学校的通知》，要求“凡有条件的农、林、水各场站，均应积极地大力举办各类技术学校”。同年夏秋间，潘村湖、华阳河、寿西湖、焦岗湖等农场办起了农业机械化学校，共13个班、842人。1961年起，水家湖、正阳关、宣郎广等场先后办起了14所半耕半读性质的农垦学校或农垦专科学校。据1962年3月农业厅统计，当时在校学生3003人，其中高中学历占36．2％，初中生占63．8％。上述学校培养的学生，部分在60年代国民经济调整时期离开农场，留在农垦系统的，不少人后来成为农场的基层骨干。在办校的同时，各场还举办了各种培训班，为场内外培训了大批人才。1959～1961年，仅华阳河、潘村湖、正阳关等三场就先后为当地县社培养拖拉机手和水利技术人员533人。
1958年4月，根据中共中央“关于农业机械化问题的意见”，掀起了以农机具改革为中心的技术革新和技术革命运动，并取得一些成果。据1960年5月全省11个农场技术革新检查评比统计，各场共提出技术革新项目719项。寿西湖、正阳关、宣郎广等场生产的高压水泵、饲料粉碎机和扬场机效果较好，被列为全省推广的小型农业机械项目。这次检查还指出：大部分农场在养猪方面已基本实现了机械化或半机械化，其中方邱湖搞的养猪千亩电栏放牧，每亩地年生产猪肉300～ 500公斤，并可培养地力，降低成本，是一项创新技术，受到农垦部的重视。1960年，全系统11个农场的机械作业标准亩成本为1．43元，低于全国农垦亩成本1．8元的20．5％。1961年，大豆中耕除草机械化已在大田生产中广泛应用。其中寿西湖农场中耕除草机械化面积占大豆播种面积的91％，增产15～20％。
实施“定、包、奖”生产责任制。“一五”期间试行的记件工资制，在“二五”期间有所发展。部分农场开始向“定包奖”责任制过渡。1958年2月，华阳河的农场实施“包工、包产、包利润”的三包经营管理办法；皖河农场对并入的农业社，沿用“四定三包一奖”责任制；8月，正阳关农场全面推行包产办法。1960年5月，寿西湖农场制定《三包一奖制试行办法》，实行包工、包产、包成本，超产奖励。1961年4月，砀山果园场开始试行“三包一奖”制，皖河农场推行“四包一奖”，潘村湖农场实行“三定一奖”办法。各场的改革，受到中共安徽省委的重视。1962年2月8日，省委批转了省委农村工作部部长张世荣《关于国营农场几个问题的报告》，对“三定一包”奖赔办法作了充分的肯定。
战胜饥荒、疾病，共渡难关。由于“大跃进”和人民公社化运动中“左”的错误，再加上自然灾害，农场经济和全省一样，在60年代初期发生严重困难。迎战困难的农垦职工，包括开荒建场时的老干部、老工人，有从部队转业复员到农垦的解放军官兵，有从城市工矿企业转入农场的工人和城镇下放居民，有投身农垦建设的青年学生，有中央直属机关和省直机关的下放干部，还有三年困难时期从苏、豫等省来的农村社员。这支职工队伍在国家经济发生暂时困难时期，顾大局、识大体，他们面对历次政治运动的冲击和饥饿的困扰，艰苦奋斗，同心协力，共渡难关。据1962年统计，“反右”运动（1957年）以来，省属国营农场职工中被批斗的有2336人，其中干部1131人，工人1205人。这些人员中，后来97．6％都进行了甄别平反。困难时期，一些农场每月供应给职工的口粮只有9公斤，干部、工人紧勒裤带，多交禽蛋和猪肉。潘村湖、淮南、东风湖、皖河等农场经常是三、五个月发不出工资，职工靠预借饭菜票吃食堂。不少农场的食盐、煤油无货供应，香烟、肥皂根本买不到，皖河农场缺布，有的工人穿衣都发生困难。1962年，全系统人均住房只有2．1平方米，几户共居一室的情况随处可见。不少干部、职工由于营养不良而浑身浮肿，他们忍受着饥饿和疾病的威胁。1958年夏秋之际，华阳河农场大批干部、工人染上急性血吸虫病。1961年10月至年底，沿淮上中游的阜蒙、唐垛湖、焦岗湖、寿西湖等4场发生出血热病，175人染病，23人死亡，死亡率13．2％。三年困难时期，职工工资无法调整，据8个农场的统计，1956年评薪定级的5029名工人，直到1962年仍拿学徒工资，月薪18～22元的2690人，18元以下的1432人。
1962年，国家对国民经济实行“调整、巩固、充实、提高”的方针，国营农场的经济发展开始有了新的转机。全省上下通过贯彻中央提出的“八字”方针，纠正“共产风”、“浮夸风”错误，较快地恢复了实事求是路线和民主作风。中共安徽省委加强了对农垦的领导。于1962年2月，批转了省委农村工作部部长张世荣就农场经营方针和经营管理问题所写的专题报告。要求“所有国营农场都要坚持以粮为纲多种经营”的生产方针，“要认真改进农场的经营管理工作，实行严格的经济核算制度，健全生产责任制，加强政治思想工作，充分调动职工的生产积极性，努力提高产量，降低成本，使每个农场都成为国家农副产品的生产基地，以充分发挥国营农场的示范作用”；8月，省委专门召开了一次解决农场场群关系的会议，较好地解决了由于农场下放后体制变化带来的一系列遗留问题。从此，安徽农垦在外部环境和内部管理上发生重大变化。从政策上、组织上为国营农场的健康发展提供了条件和保证。
明确农场的发展方针。1962年4月6日～18日，在合肥召开全省国营农场工作会议，传达贯彻全国农垦会议精神，学习《国营农场工作条例（草案）》，检查几年来的农垦工作，修订当年生产计划。这是恢复省属农场后的一次重要工作会议，省委书记李丰平、王光宇到会作了指示。这次会议确定农场今后一个时期的发展和经营方针是：“巩固充实老场，种好现有耕地，有条件地适当发展新场。努力提高单产，提供更多的商品粮；在以粮为纲的前提下，大力发展以养猪为主的畜牧业，扩大肥源。并根据资源情况，积极发展多种经营”。
成立农垦厅。为了加强对国营农场的领导，中共安徽省委决定单独设立安徽省农垦厅。1963年3月，农垦厅正式成立（设在合肥小东门原省委党校旧址）；6月，任命田世五任厅长，高长年、赵家保、钟伟任副厅长。农垦厅下设办公室、生产局、计财处、人事处、物资处、农机处、勘测设计室。二级机构有农机供应公司和电犁队。农垦厅主管全省国营农场和拖拉机站的人事、财务、生产、计划和物资供应。从此，全省农垦作为一个系统，按照农垦企业自身的特有规律，进入一个新的发展时期。
实行统一领导，分级管理的体制。农垦厅成立后，对所属16个国营农场的生产、财务、人事和产品处理等四权，实行集中管理，统一领导。农场内部则实行“统一领导，统一经营、分级管理，分级核算”。大型农场分设总场、分场（或作业区）、生产队三级管理，三级核算（或三级管理两级核算）；小型农场分为场部、生产队两级管理两级核算。对农场的机构设置和人员配备，规定为：5万亩以上的农场，管理人员不得超过职工总数的2％（当时实际已达到4％）；1万亩以上的农场，管理人员不超过职工人数的4％。精简下来的人员，充实生产第一线。
发展“定包奖”责任制。60年代初形成的“定、包、奖”生产责任制，从1962年起开始试点，1963年大范围实行，从而把农场对国家的经济责任通过制度规定下来；把农场的经济成果与职工的物质利益结合起来，对国家、农场、职工三者都有利。较好地解决了农场内部各方面的责、权、利问题，极大地调动了职工的生产积极性，提高了农场的经营成果。定包奖制度执行得较早的华阳河总场，1963年盈利109万元，1964年受了水灾仍盈利77．5万元，1966年虽因“文化大革命”干扰，依然盈利21．05万元；皖河、正阳关等农场都连续两三年盈利；潘村湖农场1965年扭亏为盈。1965年2月，农垦部党组织根据中共中央指示“五条”精神，制定《关于改革国营农场经营管理制度的规定（草案）》，即“十六条”。其主要内容实际上是“定包奖”责任制的继续和发展。规定：①国营农场的工资制度，贯彻按劳分配的原则，同工同酬，多劳多得，取消农工的等级工资制，实行定额管理，定额计分，按分付酬的分配办法（不能计分的，采取计时、计件折工分），国营农场的年度工资总额不得突破。农场根据核定给生产队的工资总额，每月预发50～80％（安徽农垦实际上多数预发80％）的工资。生产队根据个人的出勤工分预发其工资，其余部分，年终结算。由人民公社并入农场的生产队，仍采取原来的分配办法。机务等技术工人及享受国家干部待遇的人员仍执行现行工资制度。②国营农场对生产队实行“三定一奖”的办法。三定是：“定产量、定上交利润、定工资总额”，一奖是超产奖励。利润超计划指标的，超额部分按“五、一、四”分成，即50％上交农场，10％留队，40％分给职工。最高奖金不超过本人三个月工资的水平。也可按“四、二、四”的比例处理，超产奖售（粮食）20％给职工。③国营农场的劳保福利，原则上取消附加工资制度，用相当于工资总额10％的资金作为福利资金，统筹解决。④农场职工可以经营少量家庭副业，以及规定少量的自用地和自用畜禽，但副业产品不得进入集市贸易。⑤鼓励职工自建住房，农场给予支持和帮助。⑥农场应积极开展多种经营，发展农产品加工和副业生产，实行亦工亦农制度。“十六条”于1965年4月经中共中央批转，在全国农垦开始贯彻试行。省农垦厅先在水家湖农场试点。同时，华阳河、东风湖、潘村湖等农场也先后开始执行，进一步完善“定包奖”制度。
取得显著经济成果。1963～1965年，在国民经济调整方针的指导下，安徽农垦体制稳定，组织领导机构加强，经营管理制度比较健全，从而解放了生产力，使国营农场的生产建设得到较快发展，各业经营成果显著。
农田基本建设。三年间共完成投资总额1735万元，比“二五”计划期间还多429．1万元，年平均578．5万元，是“二五”期间的2．2倍。新增耕地51445亩，达到63．42万亩；有效灌溉面积由1962年的72250亩增至1965年的132212亩，增加83％。旱涝保收面积由1962年的47800亩增至1965年的92001亩，增加92．5％。建成一批大农场的排灌设施，如华阳河总场5个分场的柴油机排灌站，潘村湖农场642千瓦的苏拐机站以及寿西湖、正阳关农场的机电站等。农田水利条件改善，为农垦的粮棉丰收提供了保障。
农业生产。1965年，全系统粮豆播种面积比1962年减少34428亩，但总产却达到7713．5万公斤，比1962年增加11．8％。全年61．3万亩粮豆作物和9．8万亩棉花，平均单产分别为125．5公斤和43．5公斤，创前15年的最高水平。宣郎广农场在50年代建立的3000亩茶园，在下放地方期间一度荒芜。经过垦复，加强管理，到1965年，全场产干茶31万公斤，10亩丰产茶园（前郎管理区），连续4年亩产250公斤，获农垦部的“茶叶高产奖”。周王、九连山等茶场开始种茶，有少量茶园开采。1965年全系统茶叶总产32．1万公斤，是1962年的4．03倍。砀山果园场在1956年开始定植果树，到1959年定植13575亩，基本完成定植任务。后因片面强调执行“以粮为纲”方针，把主要劳力、肥料投入粮食生产，主业果树反而削弱了。1962年以后，真正做到“以果为主，多种经营”。开始改良土壤，每年在半数树行内套种绿肥，经过三四年努力，使果树逐渐得以恢复。1964年开始出口“砀山酥梨”，三年共出口酥梨88．65万公斤。1965年，全系统共生产水果253万公斤，是1962年的3．7倍。
工副业生产。1961年9月以前，国营农场虽然都经营一些工副业，但规模不大，又附属于农业。如粮食加工、酿酒、制饴糖、做豆腐、粉丝、蔬菜加工、纺织、烧砖制瓦等。到1965年，场办工业单位发展到30个，其中独立核算工业单位12个。除粮、油、棉加工外，1963年起，一些大型农场的修配厂，开始生产农机配件，当年生产配件7000余件，产值7．8万元。1965年全系统工业产值258．1万元，占工农业总产值的6．4％，比1962年增加1．2％。
亏损大幅度下降。国民经济三年调整期间，全省农垦经济有一定发展，亏损逐年下降。1962年全系统亏损总额690．9万元，1965年下降到160．7万元，1966年又下降到49．2万元，并有8个农场扭亏为盈。