安徽省乡镇企业在发展过程中，由于部分企业生产设备落后，劳动条件差，出现了一些生产性有害因素，这不仅污染了农村环境和水源，而且严重威胁着职工健康。省有关部门在指导乡镇企业发展时，逐渐意识到环境保护对保障人民身体健康，促进经济发展具有重要的作用，随即采取了一系列措施，加强这方面的管理。
1979年1月11日，省社队企业局转发了卫生部、国家劳动总局《〈关于“五小”工业防尘防毒工作现场会纪要〉的通知》，要求各地参照无锡县的经验，结合本地区的实际情况，认真抓好“五小”工业的劳动保护和工业卫生工作，切实保护环境，保障职工的安全和身体健康。
1981年6月16日，省基本建设委员会、省第二轻工业厅、省农垦厅、省社队企业管理局、省工商行政管理局、省环境保护局联合印发了《安徽省社队、街道、农工商联合企业防治环境污染规定》（试行）。要求：1、凡建有污染的社队、街道和农工商联合企业，必须填报《安徽省小型建设工程环境影响调查表》，并经所在行署、市环保部门审批，市、县工商行政管理部门备案后，方准建设。2、凡新建、改建、扩建、转产的建设工程项目。防止污染的设施，必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产。没有防止污染设施的工程，不得兴建，建成后也不得投入使用。待补上防止污染设施，并经当地环保部门审查合格后，属于工商企业的，还需经市、县工商行政管理部门核准登记、颁发营业执照后，方可开业投产。3、在城市上风向、城镇生活居住区、水源保护区、名胜古迹、风景游览区、温泉、疗养区和自然保护区，不准建立污染环境的企业、事业单位。已建成的，要制定规划，限期治理。解决不了的要关停并转。4、所有单位购（调）进和安装使用的各种工业和生活用锅炉，必须同时购（调）进和安装使用消烟除尘设施，否则，不准安装使用。已安装的锅炉，必须在今、明两年内全部安装使用消烟除尘设施，基本符合国家规定的排放标准。从1983年元月1日起，如仍无消烟除尘措施的，劳动部门一律不发给《锅炉使用证》。其他生产窑炉亦应积极采取有效的消烟除尘设施，改进燃烧方法，减轻或消除污染。5、凡散发有毒有害气体、粉尘的生产单位，都应采取有效措施，改革生产工艺，不产生或少产生有毒有害气体、粉尘；对生产设备要安装通风、吸尘、净化和回收装置。做到防尘、防毒、不污染周围环境。6、禁止向江、河、湖泊、港口、水库等水域倾倒垃圾、废渣等废弃物。向以上水域排放的污水必须符合国家和地方规定的排放标准。7、城镇生活居住区、风景游览区、学校、医院、疗养区内各种噪音大、震动大的设备，要安装消音、防震设施，或搬迁。8、加强对自然资源的保护。
此后，安徽省进一步重视乡镇企业的环境保护工作。1984年9月，国务院印发了（84）135号文件《关于加强乡镇、街道企业环境管理的规定》。安徽省各地在贯彻执行中，根据中央“积极扶持、合理规划、正确引导、加强管理”的方针，因地制宜地制定了一些有关乡镇、街道企业环境保护管理的规定、办法、细则。其中，经当地人大、政府发文的就有合肥、马鞍山、界首、当涂等8个市、县。从这年下半年开始，省建设厅和省乡镇企业局还组织有关单位与人员对全省乡镇企业的污染现状进行了抽样调查。
为了结合安徽省实际情况，总结卫生防护和工业卫生、劳动保护的管理经验，进一步制订乡镇工业劳动卫生管理办法，更好地保护务工农民的健康，促进乡镇工业的发展，1985年4月16日，省卫生厅、省劳动局、省乡镇企业局、省总工会联合印发了《关于开展乡镇工业职业危害情况调查的通知》，决定对乡镇工业职业危害情况进行一次调查，并要求各地、市选择一个乡镇工业门类较全的县进行全面调查。内容包括：一般情况调查，卫生防护、安全生产、劳动保护等方面的经验和存在的问题，职业危害调查，常见病、多发病、工伤事故、病伤缺勤率、休工天数等的了解。6月，又对涡阳、亳县、岳西、六安、霍山等9个市、县进行调查摸底。据省卫生厅、省劳动局对天长县230个乡镇企业的调查，8019名生产工人中有2747人接触各种有毒有害因素，占34．3％。据对43个粉尘作业点测定，粉尘浓度超过国家卫生标准的占70％，噪声强度有77．4％作业点超过国家卫生标准。这不仅严重影响了职工健康，而且对农村环境和水源也造成污染。
1986年1月28日，安徽省乡镇企业局、省劳动局、省卫生厅联合转发了卫生部、农牧渔业部《关于加强乡镇企业职业病防治工作的通知》，要求各地对乡镇企业进行一次认真调查，督促危害严重的单位，采取有效措施，限期治理，加强劳动保护，积极改善劳动条件，以保证乡镇企业的健康发展。这年，全省开展了工业污染源调查工作。为了在这次调查中，摸清乡镇工业及其污染的基本情况，省城乡建设环境保护厅、省乡镇企业局印发了《关于认真做好乡镇工业污染源调查工作的通知》，要求全省境内一切排放污染物的乡镇工业（包括镇办、乡办、村办、户办及联户办的工业），均应列为普查对象。各地要按《安徽省工业污染调查总体实施方案》的要求，认真填报《污染源调查卡片》。对污染严重，群众反映强烈的污染源，各地、市应组织力量进行监测。5月，又在贵池、肥东、当涂、凤台、界首等县对乡镇企业的基本情况、污染状况和环境管理情况进行了调研。从各地对有污染的乡镇、街道企业调查结果看，总体上说，由于安徽省乡镇企业的发展水平不高污染状况不是很严重，但潜伏着污染的危险。在有“三废”排放的企业中，绝大部分没有对废水、废气进行治理，不少企业排放的废水、废气超过国家允许排放标准，个别企业超标很严重。
8月、12月，省城乡建设环境保护厅和省乡镇企业局分别在肥东、阜阳联合召开了部分县乡镇企业环境管理经验交流会、安徽省北片乡镇企业环境保护管理会议。两会对省城乡建设环境保护厅根据调查情况草拟的《安徽省乡镇、街道企业环境保护管理法》进行了专题讨论。
这时期，安徽省部分乡镇工业企业设备比较落后，劳动条件较差，生产性粉尘、毒物、物理性危害因素威胁着部分从业人员的身体健康。据对蚌埠、淮南、宣城等10个地、市乡镇工业企业的40个行业的调查表明，除烟草加工、石油和天然气开采外，采矿、建材、机械制造、化工、纺织等38个行业都具有不同程度的职业危害。全省乡镇企业中接触危害因素的总人数在140万人以上，相当于全省国营企业接触危害人数的2倍。又据对安庆、马鞍山和淮南市对乡镇企业粉尘作业点的现场监测表明，只有14．5％符合国家卫生标准，有些现场生产操作人员接触苯、甲苯、二甲苯、铅等有害毒物的浓度也大都超过卫生标准，有的尘毒浓度超标高达近百倍。从业人员这样长期接触高浓度尘毒，致使职业病和职业中毒的发生率相当高，如含山县乡办的磨刀石厂，在70名生产工人中，患矽肺病者就达36人，占51．4％，其中死亡14人；岳西县撞钟乡石英砂厂53名工人中患矽肺病11人，占20．8％，其中7人死亡，死者平均年龄只有25．5岁，还有2人生命垂危；绩溪县乡办煤灰厂发生急性一氧化碳中毒事故，有7人死亡；宁国县沙埠乡蓄电池厂12名铅作业工人，4人患铅中毒；马鞍山姚村蓄电池厂发生小儿铅中毒事故，直接影响下一代的健康。为此，1987年，省经济委员会、省卫生厅、省劳动局、省乡镇企业局联合起草了《关于全省乡镇企业职工危害情况和防治意见的报告》，建议省人民政府建立必要的管理制度，实行法制管理。提出凡有职业危害的乡镇工业企业，可参照国家对国营企业的有关法规执行，建立劳动安全卫生管理制度，积极治理危害，并把这项工作列入企业创优及先进文明单位的必备条件之一。对存在尘毒危害比较严重的企业，要坚决采取治理措施；对个别危害十分严重而目前又无力治理的，要实行转产，消除危害。《报告》还建议加强各级劳动安全卫生管理机构，加强宣传教育和业务技术培训，乡镇工业要创造条件定期进行尘毒检测等。9月22日，省卫生厅、乡镇企业局又转发了卫生部、农牧渔业部《关于颁发〈乡镇企业劳动卫生管理办法〉的通知》。
1988年10月21日，省人民政府皖政［1988］ 66号文件印发了《安徽省乡镇、街道企业环境保护管理办法》。主要内容有：1、县级以上乡镇、街道企业主管部门，应配备专（兼）职人员，负责本系统内的环境保护管理工作。乡镇、街道企业比较集中或污染比较严重的区、乡、镇，应设专职或兼职环境监理员。2、凡新建、改建、转产的乡镇、街道企业，都必须填报《环境影响报告表（书）》，由企业所在地的县（区）环境保护部门会同主管部门审批。3、凡有污染的建设项目都必须执行防治污染及公害的设施与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用的“三同时”制度。已竣工的建设项目，由建设单位的主管部门会同环境保护等部门进行验收，合格的方可投产。4、乡镇、街道企业不准生产经营砷制品、放射性制品、石棉、联苯胺、多氯联苯、六六六、滴滴涕，不准进行土法炼汞、土法练铅，不准生产和经营经省环境保护部门确认的含有剧毒污染物或含有致畸、强致癌物成份的产品。凡已生产或经营上述产品的应立即停止。5、乡镇、街道企业新建、扩建污染严重的生产项目，如电镀、制革、造纸制浆、炼油、漂染，生产石棉制品、土磷肥和染料等小化工产品以及噪声、振动严重扰民的工业项目，应严格控制。确需新建、扩建的，应有污染治理措施，并经地、市环境保护主管部门同意。6、任何单位或个人，不得把有毒、有害的产品和严重污染环境的生产项目，转移给没有污染防治能力的乡镇、街道企业。7、在居住稠密区、水源保护区、名胜古迹、风景游览区、温泉疗养区、自然保护区内，不准建设污染环境的乡镇、街道企业。已建成的，要限期治理或实行关、停、并、转、迁。8、乡镇、街道企业从事矿产、森林等自然资源开发利用的，应填写《环境影响报告表（书）》，同企业所在地的县（区）环境保护部门会同主管部门审批。因开发引起环境污染或生态环境恶化的，由开发单位负责整治。9、乡镇、街道企业的有毒、有害废弃物必须按环境保护部门的要求进行处理后方可排放。未经处理的，不得以任何方式向地面、地下、水体排放。10、乡镇、街道企业为防治污染，用自筹资金开展综合利用所生产的产品免交产品税，并可在5年内免交所得税。企业用自筹资金和环境保护补助资金治理污染的工程项目，以及因污染而搬迁另建的项目，免征建筑税。企业防治污染和综合利用“三废”项目，可按规定向银行申请优惠贷款。
1989年4月13日至14日，省乡镇企业局又在合肥召开了全省安全环保工作座谈会。此后，全省各级乡镇企业主管部门积极配合当地环保部门，深入调查研究，对一些环境污染和尘毒危害严重的企业提出了整改措施，从而保护了乡镇企业职工的身体健康，促进了全省乡镇企业的进一步健康发展。